Составленный следственной комиссией «обыск» сохранил не одну, а по крайней мере две версии гибели царевича Дмитрия. Версия насильственной смерти всплыла в первый же день дознания. Наиболее энергично ее отстаивал дядя царицы Михаил Нагой. Он же назвал имена убийц Дмитрия: сына Битяговского Данилу и др. Однако Михаил не смог привести никаких фактов в подтверждение своих обвинений. Его версия рассыпалась в прах, едва заговорили другие свидетели. Когда позвонили в колокол, показала вдова Битяговского, «муж мой Михайло и сын мой в те поры ели у себя на подворьишке, а у него ел священник… Богдан». Поп Богдан был духовником Григория Нагого и изо всех сил выгораживал Нагих, утверждая, что те не причастны к убийству дьяка, погубленного посадскими людьми. Хотя показания попа откровенностью не отличались, он простодушно подтвердил, что обедал за одним столом с Битяговским и его сыном, когда в городе ударили в набат. Таким образом, в минуту смерти царевича его «убийцы» мирно обедали у себя дома вдалеке от места преступления. Они имели стопроцентное алиби. Преступниками их считали только сбитые с толку люди. Показания свидетелей выяснили еще одну любопытную деталь: Михаил Нагой не был очевидцем происшествия. Он прискакал во дворец «пьян на коне», «мертв пьян», после того как ударили в колокол. Протрезвев, Михаил осознал, что ему придется держать ответ за убийство дьяка, представлявшего в Угличе особу царя. В ночь перед приездом Шуйского он велел преданным людям разыскать несколько ножей и палицу и положить их на трупы Битяговских, сброшенные в ров у городской стены. Комиссия, расследовавшая дело по свежим следам, без труда разоблачила подложные улики. Городовой приказчик Углича Русин Раков показал, что взял у посадских людей в Торговом ряду два ножа и принес их к Нагому, а тот велел слуге зарезать курицу и вымазать кровью оружие. Михаил Нагой был изобличен, несмотря на запирательство. На очной ставке с Раковым слуга Нагого, резавший курицу в чулане, подтвердил показания приказчика. Михаила Нагого окончательно выдал брат Григорий, рассказавший, как он доставал из-под замка «ногайский нож» и как были изготовлены другие «улики».

Версия нечаянного самоубийства Дмитрия исходила от непосредственных очевидцев происшествия. В полдень 15 мая царевич под наблюдением взрослых гулял с ребятами на заднем дворе и играл ножичком в тычку. При нем находилась боярыня Волохова, кормилица Арина Тучкова, ее сын Петрушка и еще два мальчика «жильца». Шуйский придавал показаниям мальчиков исключительное значение и допрашивал их с собой тщательностью. Прежде всего он выяснил, «это в те поры за царевичем были». Ребята отвечали, что «были за царевичем в то поры только они, четыре человеки, да кормилица, да постельница». На заданный «в лоб вопрос: были ли в те поры за царевичем Осип Волохов и Данило Битяговский?» «жильцы» дали отрицательный ответ. Мальчики прекрасно знали людей, о которых их спрашивали. (Сын дьяка был их сверстником, а Волохов и Качалов служили «жильцами» в свите царевича и были постоянными товарищами их игр). Они кратко, точно и живо рассказали о том, что произошло на их глазах: «… играл-де царевич в тычку ножиком с ними на заднем дворе, и пришла на него болезнь — падучей недуг — и набросился на нож».