Доказывая предвзятость следственного дела, историки ссылаются на жестокое наказание посадских людей — угличан¹⁷. Гонения на угличан подробно описаны в «Сказании Авраамия Палицына», «Сказании о Самозванце» и в других поздних источниках, составленных много десятилетий спустя на основании воспоминаний и слухов. Они могут дать лишь приблизительное представление о последовательности событий. В угличском судном деле, основанном на показаниях очевидцев, нет и намека на аресты или применение пыток комиссией Шуйского. В виде исключения следователи арестовали царицына конюха, что и было оговорено в протоколах допросов. Свидетели обличили конюха в крахе вещей убитого Битяговского. Угличан подвергли преследованиям после того, как Шуйский доложил в Москве о результатах расследования причин гибели Дмитрия, и власти учинили новое расследование об измене Нагих и поджоге Москвы.

Оппозиция пыталась использовать смерть Дмитрия, чтобы опорочить правителя Бориса Годунова и добиться его отстранения от власти. Едва весть об «убийстве» царевича Дмитрия достигла Ярославля, противники Бориса распорядились среди ночи будить город. Поднятым с постели жителям объявили, что сына благоверного царя Ивана предательски зарезали подосланные убийцы. Поднявшие ночную тревогу рассчитывали, что ярославцы последуют примеру угличан, но они ошиблись в своих расчетах. Д. Горсей находился в Ярославле и описал происшествие как очевидец. Он не назвал по имени инициаторов обращения к посаду, но из его рассказа можно заключить, что инициатива исходила от Нагих. Находившийся в ярославской ссылке А. Ф. Нагой первым получил от братьев весть о гибели Дмитрия и тотчас явился к Горсею за снадобьями для своей племянницы Марии Нагой. Затем он поднял тревогу.

Главной ареной борьбы между Годуновым и оппозицией стала Москва. Положение в столице приобрело тревожный, даже критический характер задолго до смерти Дмитрия. На московских улицах со 2 мая появились военные отряды, получившие приказ «беречь город от огня и ото всякого воровства». Охрана порядка в Москве была возложена на знатных дворян князя В. П. Туренина, А. Ф. Головина, князя В. Г. Звенигородского и др¹⁸. Власти не забыли о недавних народных волнениях, когда им пришлось сидеть в Кремле «в осаде», и со страхом ждали повторения «воровства». Народное недовольство могло вырваться наружу в любой момент.

Тревога по поводу народного возмущения усугублялась внешнеполитическим кризисом. Крым и Швеция угрожали России одновременным нападением с юга и севера. В начале года шведы сконцентрировали свою армию на псковских рубежах. Со дня на день ждали нападения на Москву всей Крымской Орды¹⁹.

Смерть Дмитрия была выгодна не столько Годунову, сколько его противникам. Они обвинили правителя в преднамеренном убийстве младшего сына Грозного. По всей столице «тайно шептали, что все устроено Годуновыми». Среди знати и простонародья толковали об «измене» Годуновых и их стремлении завладеть троном. Царь Федор был испуган: при дворе «опасались смуты и сильного волнения в Москве»²⁰. Восстание могло обернуться для Годуновых катастрофой.

В 20-х числах мая неизвестные лица в трех местах подожгли Москву, в результате чего выгорел весь Белый город²¹. Противники правителя обвинили его и в этом преступлении, чтобы спровоцировать москвичей, оставшихся без крова, на выступление. Слухи, порочившие Годуновых, не только распространились по всей России, но и проникли за рубеж. Тем же летом в Литву были посланы гонцы с официальным заданием опровергнуть подозрения, будто Москву «зажгли Годуновых люди»²².