Господство государственной собственности определило особенности налоговой системы России. Наделяя дворян поместьями, власти неукоснительно взыскивали с них подать со всех распаханных земель. Пока крестьянское население поместья было достаточно многочисленным, а размеры барской запашки невелики, налоги не были для дворян слишком обременительны. Катастрофическая убыль крестьянского населения в конце века изменила ситуацию. Вслед за крестьянами помещики сократили свою запашку, но при этом удельный вес господской пашни (по отношению ко всей распаханной земле) многократно вырос¹⁷. Помещики не могли служить с разоренных поместий и одновременно платить цареву подать со своей запашки наравне с крестьянами. В конце XVI в. Борис Годунов приступил к проведению крупной социальной реформы, способствовавшей консолидации дворянского сословия. Впервые на новгородских поместных землях власти стали «обелять» (освобождать от податей) запашку в дворянских усадьбах. Реформа наметила разграничительную линию между привилегированным дворянским сословием и низшими податными сословиями¹⁸. Преимущества, вытекавшие из распоряжений об «обелении» господской пашни, очень неравномерно распределялись между различными группами дворянства. Наименьшие привилегии получили мелкопоместные дети боярские, наибольшие — крупные помещики, несшие службу в конном ополчении.

Развитие государственной земельной собственности в XVI в. оказало влияние на становление крепостнического режима. Наиболее обстоятельно история закрепощения крестьян изложена в Уложении царя Василия Шуйского о крестьянах 1607 г. Как значится в преамбуле Уложения, «при царе Иоанне Васильевиче… крестьяне выход имели вольный, а царь Федор Иоаннович, по наговору Бориса Годунова, не слушая совета старейших бояр, выход крестьяном заказал и, у кого колико тогда крестьян было, книги учинил…»¹⁹. Уложение 1607 г. сохранилось в пересказе В. Н. Татищева, что значительно снижает ценность этого памятника. В. О. Ключевский признавал подлинность памятника в целом, но полагал, что Татищев сократил и изложил своими словами преамбулу Уложения, посвященную отмене Юрьева дня. Очевидно, ни одно слово преамбулы не может быть использовано без всесторонней критической проверки.

Взаимоотношения землевладельца и крестьянина на Руси регулировали нормы Юрьева дня, сложившиеся в конце XV в. Один раз в году — за неделю до Юрьева дня 26 ноября и в течение недели после Юрьева дня — крестьянин мог расплатиться по оброчным и налоговым обязательствам и покинуть имение. По свидетельству Уложения 1607 г., царь Федор отменил Юрьев день и приказал составить писцовые книги, закрепив тем самым крестьян за их землевладельцами. Данные о проведении переписи при Федоре требуют проверки. В литературе было высказано предположение, что власти уже в 1580-х годах провели описание основной части территории России²⁰. Новейшие исследования обнаружили, что из 100 уездов государства в конце XVI в.