Вопреки официальным легендам, отъезд правителя был вынужденным шагом. Годунов потерпел поражение на избирательном Земском соборе. Кроме того, агитация его противников резко осложнила положение в столице. По всему городу толковали, будто правитель отравил благочестивого царя Федора, чтобы завладеть короной. Трудно было придумать обвинение более тяжкое, чем цареубийство, и найти лучшее средство, чтобы поднять против Годунова посадские низы. Непосредственный участник избирательной борьбы дьяк Иван Тимофеев со всей определенностью писал о причинах, побудивших правителя покинуть столицу в критический момент. Годунов, по его словам, опасался в сердце своем, не поднимется ли против него вдруг восстание и не поспешит ли народ отомстить за смерть царя, подняв руку на его убийцу²⁶.

Отъезд Годунова из Кремля мог привести к его немедленной отставке с поста правителя, если бы Земский собор продолжил свою работу. Однако на помощь правителю пришло руководство церкви. Патриарх Иов добился отсрочки выборов под предлогом, во-первых, 40-дневного траура по усопшему царю, а во-вторых, необходимости дождаться, пока в Москву съедутся духовные чины и «всяких чинов, великих государств, многих родов служивые и всякие люди»²⁷.

Отъезд Годунова в Новодевичий монастырь знаменовал крутой поворот в его избирательной кампании. Сторонники правителя задались целью вновь опереться на авторитет постриженной царицы.

Официозные легенды гласили, что после пострижения вдова Федора приняла в монастыре «тихое и безмолвное иноческое житие». В жизни было иначе. Еще до своего пострижения царица издала 8 января указ о всеобщей и полной амнистии. Она приказала без всякого промедления выпустить из тюрем всех опальных изменников, татей, «разбойников» и прочих сидельцев. Указ царицы был исполнен — темницы узилища «отверзты», но не во всех городах. Будучи в Новодевичьем монастыре, старица обратилась в Яренск и Вымские волости с облеченным в форму именного указа распоряжением о неукоснительном проведении амнистии. Библиотекарь А. Попов, скопировавший грамоту, утверждал, что подлинник был скреплен собственноручной подписью старицы, именовавшей себя «государыня царица и великая княгиня Александра Федоровна всеа Русии»²⁸.

Патриарх взялся убедить столицу в том, что Годунова, несмотря на потрижение, сохранила царский титул и все вытекающие из него полномочия. Отправившись в Новодевичий монастырь, глава церкви обратился к старице Александре с упреком, что она покинула мир, «царя не устроив в свое место никого». Одновременно Иов просил Бориса вернуться в столицу и вновь встать у кормила государства: «…буди нам милосердный государь и правитель благоприятный всего Российского государства». Ответ Бориса изложен неодинаково в утвержденных грамотах о его избрании на трон. В документе первоначальной редакции значилось, что Борис послушал патриарха и согласился вернуться в Кремль: он «с боляры радети и промышляти рад не токмо по-прежнему, но и свыше перваго»²⁹. В грамоте поздней редакции сказано, что правитель объявил о своем решении удалиться от дел и передать управление патриарху и боярам. Патриарх пытался выполнять несвойственные ему функции, рассылал от своего имени грамоты по поводу местнических споров и пр.