26 февраля правитель покинул свое убежище и отправился в Москву. Столица была готова к торжественному приему. Народ встречал Бориса на поле за стенами города. Те, кто был победнее, несли хлеб и соль. Бояре и купцы явились с золочеными кубками, соболями и другими дорогими подарками, подобающими «царскому величеству». Правитель отказался принять дары, кроме хлеба с солью, и милостиво позвал всех к царскому столу. В Кремле патриарх проводил Годунова в Успенский собор и там благословил его «на царство». По замыслу сторонников Бориса служба в соборе должна была окончательно утвердить его на троне. Присутствовавшие «здравствовали» правителя на «скифетроцарствия превзятии». Однако к концу дня стало ясно, что торжественная церемония не достигла цели. Годунов долго совещался с патриархом с глазу на глаз, после чего объявил о намерении предаться посту и вернулся из Кремля в Новодевичий. Согласно версии майской грамоты, Борис покинул Кремль под предлогом, что его сестра «бысть в велицей болезни»⁴⁵.

Поздний редактор вычеркнул ссылку на болезнь и внес в текст исправление, из которого следовало, что Годунов ездил к сестре до беседы с патриархом и, таким образом, его отъезд в Новодевичий был заранее согласован с инокиней-царицей. После возвращения в Кремль ничто, казалось бы, не мешало Борису немедленно въехать в царский дворец. Редактор 1599 г. именно так и попытался изобразить дело. Он внес в текст утвержденной грамоты указание на то, что в свой февральский приезд Борис «иде в свои царские палаты». В более достоверном отчете майской редакции грамоты ничего подобного не было⁴⁶.. Вместо переселения в Кремлевский дворец правитель вторично удалился в Новодевичий. Постигшая его неудача может иметь лишь одно объяснение: очевидно, новый царь не мог утвердиться на троне без присяги в Боярской думе. После «наречения» в Успенском соборе Годунов ждал верноподданнического ходатайства со стороны официального руководства думы, но его, судя по всему, не последовало.

В начале марта 1598 г. патриарх вновь созвал соборные чины на своем подворье. Майская утвержденная грамота сообщала, что на мартовском совещании Иов обратился с речью «к боляром, и дворяном, и приказным людем», а затем «ко всему сигклиту боляром, и окольничим, и князем, и воеводам, и дворяном, и выборным, и лучшим детем боярским». Позднего редактора этот рассказ не удовлетворил. Он попытался представить дело так, будто мартовское совещание, как и февральское, имело более широкий круг представительства. С этой целью он дополнил текст майской грамоты указанием на то, что патриарх держал речь «ко всем бояром, и дворяном, и приказным, и служилым людем, и гостем»⁴⁷. Так, одним росчерком пера редактор 1599 г. сделал московских гостей — представителей третьего сословия — участниками мартовского собора.

Опираясь на постановление мартовского собора, патриарх 15 марта направил провинциальным епископам окружное послание с повелением созвать в главных соборах духовенство, дворян, стрельцов, посадских людей и зачитать им грамоту об «избрании» Бориса, а затем петь многолетие царице — старице Александре (на всякий случай ее имя ставили первым) и Борису во всех церквах «по три дни со звоном». Следом за посланцами патриарха в провинцию выехали эмиссары правителя. Особое внимание патриарх и Годуновы уделили Казанскому краю, где позиции правителя были непрочными. На воеводстве в Казани сидел удельный князь Воротынский — давний противник Бориса. Архиепископскую кафедру занимал Гермоген.