С окончанием серпуховского похода правитель немедленно распустил по домам «детей боярских всех московских городов» и ратных людей, а всем столичным чинам — «боярам, и окольничим, и приказным людем, и столникам, и стряпчим, и жилцем, и дворянам болшим, и дворянам из городов» — указал идти к Москве⁵⁹. Возвращение высших дворянских чинов в столицу создало потенциальную возможность для возобновления работы представительного Земского собора. Однако трудно сказать, в какой мере власти ею воспользовались⁶⁰. Предположение о том, что летом 1598 г. деятельность избирательного собора вступила в решающую фазу, опирается главным образом на дату 1 августа в тексте утвержденной грамоты последней редакции. Но подложность этой даты выяснена выше.

Патриарх Иов ждал возвращения Бориса Годунова из серпуховского похода и тщательно готовился к этому торжественному моменту. К июлю патриаршая канцелярия завершила сбор подписей под текстом майской грамоты. Помимо иерархов, традиционно входивших в священный собор, грамоту скрепило многочисленное «несоборное» духовенство: 30 протопопов и игуменов из церквей и второстепенных монастырей столицы и 30 игуменов из провинциальных монастырьков и пустыней. В июле канцелярия сочла необходимым прокомментировать майские списки, чтобы оправдать как чрезмерное расширение духовного собора, так и отсутствие на нем некоторых видных иерархов — архиепископа Гермогена и его главных архимандритов — казанского и свияжского. В официальной иерархии Гермоген считался третьим лицом после патриарха, а его архимандриты числились в списке десяти главных настоятелей России. Чтобы объяснить их отсутствие в майском списке, редакторы пояснили, что казанские церковники в то время были заняты «великими церковными потребами и земскими делами» и потому не смогли явиться в столицу для царского избрания⁶¹. Оправдания патриаршей канцелярии никого не могли убедить. Более того, они с полной очевидностью доказывали, что патриарх в течение длительного времени не допускал Гермогена и его людей в столицу. Недостаточно авторитетный Иов, полностью подчинивший церковь видам правителя, опасался, что Гермоген, человек непреклонный и влиятельный, возглавит оппозицию против Годунова.

В обычных условиях власти никогда не собирали Священный собор и думу в полном составе, а довольствовались созывом особо доверенных лиц и тех, кто оказывался под рукой в столице. Точно так же не все участники соборов собственноручно скрепляли соборные постановления. Однако царское избрание было делом экстраординарным, и поэтому власти собрали под списком из 115 лиц 126 подписей. Списочный состав «вселенского» собора заметно расходился с подписями. Заверка утвержденной грамоты растянулась на много месяцев. Только этим можно объяснить, что документ подписали два игумена псковского Святогорского монастыря (старый игумен Исайя, названный в списке, и его преемник игумен Игнатий), а также два игумена новгородского Вяжецкого монастыря (игумен Закхея и «новой игумен Закхей»). Разумеется, смена властей в далеких монастырях не могла произойти мгновенно.

Провинциальные церковники заверяли утвержденную грамоту по мере приезда в Москву. Со столичным духовенством дело обстояло иначе. Казалось бы, нет ничего проще, как собрать подписи старцев, находившихся под рукой, даже в самом Кремле. На деле подписи и в этом случае расходились со списочным составом. Вряд ли эти расхождения были случайными, как может показаться на первый взгляд. Притч Успенского собора, верный патриарху Иову, участвовал в многократных церемониях наречения Бориса на царство.