По случаю «воцарения» Борис пожаловал всяких служилых людей своей царской казной: «на один год вдруг три жалованья велел дать». Ряд временных податных льгот получило население посадов. Так, 15 сентябри 1598 г. правительство «отарханило» новгородский посад, сложив «денежные всякие доходы» со дворов, с торгов и мелких промыслов. Разоренная дотла Корела, только что возвратившаяся в состав Русского государства, получила льготу от всяких податей на десять лет. В Сибири власти пожаловали сибирских людей, сложив с них ясак на 7108 (1599/1600) г.⁶⁶.

После коронации положение Годунова на первых порах оставалось неустойчивым. В начале января 1599 г. в Польше и Ливонии упорно ходили слухи о том, что новый царь убит своими боярами. Король Сигизмунд III получил известия об этом сразу из нескольких источников. Из Орши ему сообщали, что Годунова убил «некий царек» (Симеон —?). Из Вильны доносили, будто во время аудиенции в Кремлевском дворце Борис ударил посохом одного из Никитичей (Романовых), за что тот поколол его ножом⁶⁷. Сведения оказались недостоверными, но в них слышался отзвук продолжавшихся раздоров между Годуновым и знатью.

Политическая ситуация в Москве была лишена стабильности, и в Кремле вновь вспомнили об «утвержденной грамоте». Майская грамота включала документы, составленные в разгар избирательной борьбы. Некоторые из них (например, «хартия» в пользу Бориса) имели характер предвыборных памфлетов. Неудивительно, что они окончательно устарели после коронации Годунова. Царской канцелярии пришлось немало потрудиться, чтобы составить новый текст «утвержденной грамоты», радикально отличавшийся от старого.

В дни избирательной кампании сторонники Бориса старались убедить народ, будто сам Грозный, а затем Федор благословили его на царство. Со временем Посольский приказ отказался от этой версии, по крайней мере в своих разъяснениях, адресованных союзникам. В январе 1599 г. русские дипломаты сообщили венскому двору, что Борис Годунов «учинился» на государстве «по благословению великой государыни сестры нашие царицы и великие княгини Александры и по челобитью и по прошению святейшего Иова патриарха, и всего вселенского собора, и всех чинов всяких людей государства нашего»⁶⁸. Посольская версия получила отражение в последней редакции утвержденной грамоты.

Из майской грамоты следовало, что царь Федор, умирая, приказал Борису свою душу, свою супругу и «все великие государства Российского царствия». Отредактированный текст гласил, что Федор приказал свою душу «отцу своему и богомольцу» Иову и «шурину своему царскому». Авторы майской грамоты «цитировали» следующее предсмертное обращение Ивана IV к Годунову: «Тебе приказываю душу свою, и сына своего Федора Ивановича, и дщерь свою Ирину, и все царство наше великаго Российского государства». Согласно новой редакции, царь заявил любимцу Борису: «Тебе приказываю сына своего Федора и Богам дарованную дщерь свою Ирину, ты же соблюди их от всяких зол»⁶⁹.

После завершения работы над утвержденной грамотой власти собрали членов Земского собора, которые скрепили документ своими подписями. Церемонии предшествовало ознакомление участников собора с текстом вновь подготовленного документа.

До коронации Бориса в документах фигурировал некий «вселенский собор» самого широкого и неопределенного состава. После воцарения Годунова он уступил место традиционному священному собору.