Положение в столице усугублялось абсолютной неавторитетностью царя и открытыми разногласиями среди его опекунов. Прибывшие в Москву литовские послы воочию убедились в том, что московские правители, назначенные покойным Иваном IV, находились между собой в величайшем несогласии и очень часто спорили в присутствии самого Федора без всякого уважения к нему⁴³. Разногласия в верхах могли привести к непредвиденным последствиям в условиях, когда из-за катастрофической разрухи и военного поражения настроения недовольства широко затронуло почти все слои населения.

Через полгода после объявления всеобщей амнистии Б. Ф. Годунов осуществил первые ограниченные репрессии против знати. Репрессивным мерам предшествовали перестановки в верхах. Триумвират Н. Р. Юрьева, Б. Ф. Годунова и А. Я. Щелкалова просуществовал несколько месяцев. Но уже в конце лета 1584 г. в Польшу стали поступать сведения о том, что из-за болезни Юрьев устранился от дел. В последний раз имя Юрьева упоминалось в Разряде московской «семибоярщины» в августе 1585 г. Но это почетное поручение регент уже выполнить не мог. Против его имени дьяки пометили в Разряде: «Болен». По словам очевидцев, Н. Р. Юрьей внезапно лишился речи и рассудка. В столице много говорили о том, что его околдовали⁴⁴. В связи с отставкой наиболее авторитетного из членов триумвирата борьба в думе вспыхнула с новой силой. Влияние партии Мстиславского значительно усилилось. Вскоре в сферу конфликта было втянуто центральное финансовое ведомство — Казенный приказ, находившийся в ведение Головиных.

При Грозном четверо членов этой семьи — Петр, затем его сын Фома, а позже внуки Петр и Владимир — распоряжались государственными финансами. Но особенно преуспели Головины в начале царствования Федора. По традиции казну возглавляли два лица, проверявшие друг друга. При Федоре казначеями стали двоюродные братья. Впервые казна оказалась в бесконтрольном ведении одной семьи. Два брата главного казначея — Владимир и Иван Большой Мудрый — получили думные чины окольничих. Благодаря знатности, богатству и личным качествам И. П. Головин стал одним из подлинных руководителей той партии в думе, которую номинально возглавлял регент Мстиславский. Он не побоялся бросить вызов Бельскому и добился его отставки. Боярское руководство оценило его заслуги. Во время коронации Федора он нес перед царем главную корону — шапку Мономаха. Располагая поддержкой регентов Мстиславского и Шуйского, главный казначей открыто добивался изгнания бывших опричников из правительства. С Годуновым он обращался дерзко и неуважительно⁴⁵. Семья Головиных обладала большими местническими преимуществами перед родом Годуновых. Выиграв местнический спор с Бельским, казначей лишь ждал случая, чтобы посчитаться с его свояком.

Интрига боярской партии встревожила Бориса, и он решил нанести упреждающий удар. По его настоянию дума постановила провести ревизию казны. Проверка обнаружила большие хищения. Посольский приказ выступил за рубежом с заявлением, что Головины «покрали» царскую казну⁴⁶. Подлинность их заявления удостоверена описью царского архива, в котором упомянут столпик с боярским приговором 7094 г.: «…что приговорили бояре Петра Головина за государеву краденную казну Казенного двора казнити смертию, тут же и вин его скаска, какова ему Петру чтена»⁴⁷. Казначея вывели на Лобное место и обнажили для казни, но в последний момент ему объявили о помиловании. С опальным обошлись сравнительно мягко: его избавили даже от обычной в то время торговой казни.