Летописи утверждают, что дело Головина было следствием прямого столкновения между Годуновым и знатью. В открытой вражде бояре будто бы «разделяхуся надвое: Борис Федорович Годунов з дядьями и з братьями, к нему же присташа и иные бояре, и дьяки, и думные и служивые многие люди; з другую же сторону князь Иван Федорович Мстиславский, а с ним Шуйские и Воротынские, и Головины и Колычевы, и иные служивые люди, и чернь московская»⁵⁰. Столкновение завершилось пострижением Мстиславского и ссылкой Воротынских и Головиных. Хотя летописец верно определил круг аристократических противников правителя, в его записи, по-видимому, были объединены разновременные события. Осуждение Головиных имело место задолго до падения Мстиславского, а ссылка Воротынских относилась к более позднему периоду.

Пострижение главы Боярской думы окружено многими легендами. В поздних и недостоверных источниках XVII века отразилось предание о том, что Мстиславский выступил против Бориса после долгих колебаний, поддавшись уговорам Шуйских, Воротынских, Головиных и других бояр. Старый регент будто бы замыслил призвать Годунова в свой дом на пир и там убить, однако правителя предупредили о его замысле⁵¹. Эта версия не внушает доверия. Мстиславскому незачем было прибегать к таким крайним мерам, как убийство. Глава опекунского совета и Боярской думы мог бороться против Годунова в рамках законности. В источниках имеются сведения о том, что Мстиславский и его сторонники разрабатывали планы развода царя с бесплодной царицей Ириной Годуновой. В случае успеха, заметил в своих записках Петр Петрей, бояре рассчитывали женить Федора на дочери Мстиславского. Шведский дипломат, впервые посетив Москву после воцарения Бориса, записал немало слухов без всякой критической проверки. Его сообщение можно было бы опровергнуть как недостоверное, но оно находит косвенные подтверждения в русских источниках. После пострижения Мстиславского судьба его дочерей стала предметом специальных разъяснений со стороны Посольского приказа. Борис поручил своим дипломатам объявить за рубежом, что девица Мстиславская была выдана замуж за князя Василия Черкасского⁵². Для русской дипломатической практики подобные разъяснения по поводу заурядного брака в боярской среде были случаем из ряда вон выходящим. Интерес Посольского приказа к боярышне подтверждает версию о том, что дочь Мстиславского метила в жены царю Федору. Источники сохранили предание о том, что Борис одолел главу думы и «напрасно измену положи» на него, благодаря поддержке главных думных дьяков — братьев Щелкаловых⁵³. В годы опричнины номинальный глава Боярской думы был послушной пешкой царя в сложной политической игре. После сожжения Москвы татарами Грозный принудил его публично покаяться в том, что он своей изменой навел татар на святую Русь и тем погубил отражение от армии Батория, избил его посохом и взял с него новую запись с признанием вины⁵⁴.

Годунов и Щелкалов добились отставки Мстиславского без суда, после того как раскрылись его интриги против царицы Ирины. Главный опекун приходился Федору троюродным братом, и ссора была улажена чисто семейными средствами. Первый боярин думы был вынужден сложить регентские полномочия и удалиться на покой в монастырь. Власти старались возможно дольше скрывать опалу Мстиславского. Спустя полгода после его отставки московские дипломаты получили предписание разъяснить за рубежом, что он «поехал молитца по монастырям»⁵⁵.