Если страсть и присутствовала в жизни Софьи (заставляя ее во время любовной связи с Шакловитым украшать свою спальню по его вкусу), она не демонстрировалась при дворе и не проявлялась в государственной деятельности царевны. Всемогущая на взгляд со стороны правительница России вынуждена была жертвовать своими симпатиями. Так было, например, в 1685 г., когда соученик и тайный советник Софьи Сильвестр Медведев принес ей для реализации утвержденные царем Фёдором принципы первого российского университета.

Всесословное учебное заведение, призванное дать России специалистов в различных областях науки и кадры для государственных учреждений, задумывалось как полностью автономное в экономическом, политическом и идейном отношении, по прямому смыслу понятия «свободной мудрости» (его аналогов в России до сих пор не создано). «Мудроборцы» во главе с патриархом, разумеется, подняли страшный вой, призывая не допустить в Россию эту «искру западного зломысленнаго мудрования», — и Софья предала память брата.

Вместе с проектом Академии была похоронена первая в России независимая от церкви типография, основанная царем Фёдором, его проекты епархиальной реформы и системы училищ для детей нищих и сирот. Для искоренения на Руси латыни — языка науки и международных отношений — была закрыта латинская гимназия Медведева, замененная «эллино-славянскими схолами» ученых греков Иоанникия и Софрония Лихудов. Сам Голицын вольно или вынужденно покровительствовал «грекофилам», развернувшим злобную травлю Медведева и его друзей-просветителей.

Вообще в отношении к Медведеву любопытно раскрывается степень политических компромиссов ведущих деятелей регентства. Софья запретила преследуемому церковными властями Медведеву покидать Москву даже тогда, когда призыв публициста «разсуждати себе» породил обвинение, что тот «хочет наступити и попрати всю власть, царскую же и церковную, того ради и к людям пишет!». Устранившись от конфликта, она показала своему врагу-патриарху, что без помощи светской власти он не может схватить даже одного монаха, защищаемого народными толпами.

Финансировавший затеи «грекофилов» Голицын передал украинскому духовенству их и просветителей полемические книги, будто бы не ожидая, что ученые-украинцы активно выступят в поддержку Медведева, против патриарха. Эта уклончивая осторожность особенно любопытна у человека, открыто отстаивавшего свободу веры для иностранцев в споре со своим другом Игнатием Римским-Корсаковым и врагом Иоакимом, договорившимся до того, что вместе с костелами и кирхами на территории государства следует уничтожить все мечети, и запретившего православным воинам хоронить своих погибших на войне иноверных товарищей!

Делая ставку на иностранных специалистов, Голицын был тверд как кремень. Именно вести о свободе всякому исповедовать свою веру вели в Россию отличных гражданских и военных мастеров из Западной Европы, раздираемой религиозными сражениями. Поддерживая христианизацию внутри страны, канцлер не мог применять насильственных мер к язычникам, и а особенно к мусульманам, начиная наступление на Крым и владения Османской империи.

Этот конфликт с «ревнителями благочестия», «старомосковской» или «великорусской» партией дорого стоил личному авторитету Голицына. Дошло до того, что целая группа дворян из влиятельных фамилий явилась на службу в полки в траурной одежде, поддерживая пророчества патриарха о поражении Крымского похода.