Лето всегда было богато исследованиями: Дарвин изучал жизнь муравейников, в ассистенты взял младших детей. Фрэнсиса записал в школу Клэпхем, Леонарда — в школу Рида (писал Риду о нем: «Он не тупой, но такой тугодум, что единственная цель обучения — как-то стимулировать его ум»). Продолжал препираться с Греем, пытавшимся убедить его в существовании во все вмешивающейся Высшей силы. «Ни в чем не повинный хороший человек стоит под деревом, и его убивает удар молнии. Верите ли Вы (мне, право, очень хотелось бы это знать), что Бог намеренно убил этого человека? Многие или большинство людей верят в это; я не могу верить и не верю. Если Вы верите в это, то верите ли Вы, что когда ласточка схватит комара, то это Бог предназначил, чтобы эта определенная ласточка схватила определенного комара в определенное мгновение? Я полагаю, что человек и комар находятся в одинаковом положении. Если их смерть не предопределена, то я не вижу причин верить, что их возникновение должно быть предопределено».

Осенью в Дауни он заставил себя сесть за «Изменения домашних животных», хотя не тянуло: орхидеи и росянки интереснее. С 22 сентября по 5 ноября был с Генриеттой на курорте Истборн, там дочь указала ему на ошибку: он думал, что все голубоглазые кошки глухие, она доказала, что бывают исключения. Опубликовал статью об опылении орхидей. Меррей потребовал нового издания «Происхождения видов», пришлось все остальное бросить.

Третье издание вышло в апреле 1861 года. Всего их выйдет шесть, и каждое следующее будет содержать больше изменений, чем предыдущее. Исследователь М. Пэкхэм подсчитал: «Из 3878 фраз первого издания 75 процентов переписаны от одного до пяти раз. Было добавлено более 1500 предложений, около 325 было вычеркнуто. Всего существует около 7500 вариантов оригинальных и внесенных позднее предложений. Шестое издание из-за дополнений на треть длиннее первого». В третьем издании появился «Исторический обзор» — рассказ о «предшественниках». Автор разъяснил термин «естественный отбор»: некоторые решили, что отбор — коль его несколько раз назвали «силой» — является причиной изменений. Это не так: закон отбора всего лишь регулирует, каким особенностям продолжиться, каким угаснуть со смертью их обладателей. «В буквальном смысле слова "естественный отбор", без сомнения, неправильный термин; но кто же возражал против употребления химиками выражения "избирательное сродство различных элементов"? И тем не менее нельзя же, строго говоря, допустить, что кислота выбирает основание, с которым предпочтительно соединяется». «Под словом "Природа" я разумею только совокупное действие и результат многих естественных законов, а под словом "законы" — доказанную нами последовательность явлений».

Он добавил рассуждений о «скачках» и постепенности: бывает и так и эдак. Коснулся нелюбимого им понятия прогресса: «Натуралисты до сих пор не предложили приемлемого определения того, что значит повышение организации. У позвоночных принимаются во внимание степень умственных способностей и приближение к строению человека». Трудно сказать, есть ли общая тенденция к прогрессу, поскольку до сих пор живут амебы и прочие низкоорганизованные существа: «Естественный отбор не заключает в себе неизбежного прогрессивного развития, он только использует такие изменения, которые возникают и оказываются полезными для каждого живого существа в сложных условиях его жизни. А спрашивается, какую пользу… могли бы извлечь из более высокой организации инфузория, глист или червь?» Другие могут усложняться, но если они не вступают в конкуренцию с инфузориями, те могут сидеть в своей уютной нише сколь угодно долго и остаться неизменными.