Дарвин занимался своим делом — опытами для «Изменений». Препарировал тушки кур, голубей и кроликов, которые ему слали со всей страны, развел дикую вонь, но семья не роптала. Другие опыты и наблюдения — орхидеи, муравьи — были «для души». Лайелю, 12 апреля 1861 года: «Скажите леди Лайель, что я не обнаружил у муравьев похоронных церемоний, хотя Эразм говорил мне, что у них есть епископы. После сражения, насколько я мог видеть, они своих мертвых съедают… Но я получил письмо от старого лесовода из Техаса, который утверждает, что муравьи выращивают траву для питания и кусты для убежищ! Не знаю, что думать, но вижу, что старик не выдумал это специально…» Понял, что не сможет изучить эту тему (некогда), и переслал письма лесовода специалистам по муравьям. В его дневнике записано, что весной 1861-го он был очень болен. При этом он совершил несколько поездок в Лондон, выступал в Линнеевском обществе и дома делал сложную физическую работу — наверное, не так уж было плохо, или только временами.

18 марта умер Генсло, на похороны Дарвин не поехал, писал, что «еще никогда так не ненавидел свою слабость». Но вообще-то он всегда старался избегать похорон. (В 1863-м он принял участие в работе над книгой Дженинса «Памяти Генсло».) Генриетта перенесла брюшной тиф, три медсестры ухаживали за ней круглосуточно, Эмма выбилась из сил, признавалась в дневнике, что пытается не поддаться отчаянию, но живет только сегодняшним днем, и написала мужу письмо (неизвестно, врученное ли): муки Господь послал как испытание. С остальными детьми все было более-менее нормально. Уильям летом 1861-го оставил Кембридж, не получив степени, и поступил на службу в банк «Грант и Мэддисон» в Саутгемптоне; учебу он завершит заочно и получит диплом в 1862 году. Отец дал ему пять тысяч фунтов — взнос, требуемый, чтобы стать партнером в банке. (Уильям так и остался банкиром. По словам Гвен Равера, был он «истинный английский джентльмен»: интересовался наукой, выучил шесть языков, обожал поэзию, но стеснялся этого, собирал картины, любил хорошую кухню, комфорт, позднее — автомобили и был всегда доволен жизнью, хотя ничего особенного в ней не добился.)

У его отца появилась новая тема для споров с Греем: Гражданская война в США. Аграрный рабовладельческий Юг и промышленный Север не могли существовать в рамках одного государства; в 1860-м избранный президентом республиканец Линкольн (республиканцы тогда были прогрессивной партией, демократы — консервативной) объявил, что все новые штаты будут свободными. На Юге испугались, что он захочет отменить рабство и в старых, Южная Каролина объявила о независимости, за ней другие; в феврале 1861-го они провозгласили Конфедерацию Штатов Америки и избрали президентом Дж. Дэвиса, который заявил, что «рабство будет вечно». Линкольн объявил южные штаты в состоянии мятежа, бои начались 12 апреля. Грей был за Север, Лайель за Юг. Для Англии победа южан была выгоднее: Юг импортировал товары, а Север стремился оградить свою промышленность от конкурентов; но многие сочувствовали борьбе за отмену рабства. Дарвин — Грею, 5 июня 1861 года: «Америка несправедлива к Англии: я не слыхал, чтобы хоть одна душа не стояла за северян. Некоторые — и я один из них — даже молят Бога, чтобы Север провозгласил крестовый поход против рабства…» Сразу за этим пассажем обсуждался хвост дятла: Бог ли позаботился, чтобы дятлу было удобно сидеть вертикально, или хвост развился в процессе специализации?

В июле Дарвины поехали на курорт Торки в Девоне, Генриетта и ее отец неожиданно выздоровели. Эмма с Генриеттой и племянницей проделала турпоездку вокруг Дартмура: единственный раз без мужа отправилась «прошвырнуться» и, как вспоминала дочь, было очень весело.