Уильям в свободное от банковских дел время занимался ботаникой, написал статью об орешнике. Генриетта завела подругу из соседней деревни, гостила у нее. Бесси вдруг изъявила желание ходить в школу, родители были счастливы, записали ее в школу мисс Буб в Кенсингтоне. Леонард посещал школу Рида, с октября к нему присоединился Хорас. Неожиданно приехала Камилла Людвиг, просила денег, ей подарили 200 фунтов, но в доме оставить не согласились. Приезжали погостить офицеры с «Бигля», на следующий день после их отъезда, 21 октября, Дарвин перенес тяжелейший приступ рвоты и болей, заметил, что после шумного вечера с гостями ему хуже, с тех пор старался приглашать людей только по утрам. Работа шла тяжело. Продолжал мучиться главным вопросом: «Что же, черт возьми, заставляет хохол появиться на голове петуха?» А Грей, Гукер и другие корреспонденты долбили его из-за «Происхождения видов»: да, мы согласны, все живое произошло друг от друга, но что такое этот ваш естественный отбор — непонятно. Вот «климат — пища» — это понятно. Поел и вырос большой, а не поел — маленький. Но разве может от еды и климата пресмыкающееся стать птицей, это что ж такое ему надо было съесть?! Так, может, и вся ваша концепция ошибочна? Обзывали отбор «Богом из машины», автор в отчаянии назвал его «дамокловым мечом, который сам над собой подвесил».

Он стал колебаться: может, и впрямь недооценил «климат — пищу»? Наблюдал за растениями: их привезли издалека, пересадили в английскую почву, и они стали более низкими или высокими, чем были. Ноябрь 1862-го, ботанику Т. Дэвидсону: «Трудность заключается в невозможности сравнить прямые последствия длительного действия измененных условий жизни, без какого-либо отбора, с действием отбора на случайную изменчивость. Я колеблюсь на этот счет, но обычно возвращаюсь к уверенности, что прямое действие условий не было особенно значительным». Тогда же, Гукеру: «Моя теперешняя работа приводит меня к значительно большему допущению прямого действия физических условий… это умаляет славу естественного отбора и потому чертовски сомнительно. Быть может, я снова изменю взгляд, когда соберу факты под одним углом зрения…» Грей как-то прислал ему кукурузу, теперь он замечал, что через несколько поколений часть ее семян из продолговатых стали круглыми. Да, «климат — пища»… А друзья добивали: если признаёшь «влияние условий», на кой нужен твой отбор?

Фруктовые деревья и розы подбросили новую загадку: вдруг появлялся цветок или плод, непохожий на братьев. Если бы на гладкой розе вырос махровый цветок и потом роза стала махровой, можно было бы считать, что она к чему-то приспосабливается, ищет нишу, образовывает новый вид, а значит, находится под действием отбора, но уродец так и оставался единичным, внезапным и бессмысленным. Утешало лишь то, что на «климат — пищу» такие фокусы тоже не спишешь. Садоводу Т. Риверсу, 23 декабря: «Как странно, что резкие изменения у персиков встречаются часто, а малые редко!.. Как мы невежественны! Но благодаря многим хорошим наблюдателям, живущим в настоящее время, дети наших детей будут менее невежественны, и это — утешение».

20 ноября Оуэн представил Королевскому обществу найденный в Германии безголовый скелет археоптерикса, вымершего существа позднего Юрского периода, величиной с ворону Оуэн сказал, что это птица. Но хвостом она подозрительно напоминала ящерицу, и Фальконер заявил, что это доказательство дарвиновского открытия: переходное звено от пресмыкающихся к птицам.