В Мэре весной 1839 года он записал: «Хворал и ничего не сделал»; с этого начался еще один дневник, посвященный болезни. В начале 1840 года писал Фицрою: «Я не мечтаю ни о чем, кроме крепкого здоровья, чтобы продолжать дело, которому решил посвятить жизнь». Ему было очень плохо с декабря 1839-го до конца февраля 1840-го: головные боли, бессонница и, что самое мучительное, страшные приступы рвоты. Потом прибавились спазмы, судороги, колики, головокружения, одышка, тахикардия, обмороки. А выглядел здоровым: крепкий и всегда такой румяно-загорелый, словно только что с курорта. Многим казалось, что он «просто вообразил» болезнь или притворяется. Его отец не смог поставить диагноз, другие врачи — тоже. Сам он связывал свое состояние с плаванием на «Бигле», но не с укусом бенчуки, а с морской болезнью.

Уже после его смерти — а прожил он, несмотря на болезнь, долго, причем к старости почти выздоровел, — врачи и ученые стали выдвигать гипотезы. Возможно, болел он от лекарств. Мышьяк был доступен, как сейчас аспирин, а Чарлз лечил мышьяком экзему. Но версию скоро признали несостоятельной: такой больной должен был рано умереть. С приходом эры Фрейда начались психиатрические объяснения. В 1901 году доктор У. Джонсон заявил, что болезнь Дарвина усиливалась, когда он работал над происхождением видов, и отступала, когда он писал о другом. В 1918-м упоминавшийся Кемпф заявил, что Дарвин страдал неврозом из-за «подавленной ненависти к отцу»; Хаббл в 1946-м развил тему: «Болезнь Дарвина возникла в результате мучительной эмоции, подавленной и неосознанной им… она результат отношений с отцом». Гуд в 1954-м: «подсознательная ненависть» вызвала «симптомы депрессии, навязчивые состояния, тревогу и истерию». Не существует, правда, ни единого документа, указывающего на «навязчивые состояния» или «истерию», а тот факт, что до тридцати лет Чарлз был здоров как бык, психиатры сочли не заслуживающим внимания.

Когда появились другие школы, кроме фрейдовской, эдипов комплекс оставили в покое, но психиатрические версии продолжались. В 1977-м доктор Кольп написал: «Переживания Дарвина из-за его теории были причиной его болезни». Доктор Кларк в 1984-м предположил, что Дарвин боялся огорчать жену своими взглядами и потому болел, а доктор Альварес заявил, что он был «физиологически и психологически неполноценен», как и весь его род, его дядя пил и покончил с собой, его брат был «эксцентричен». Это утверждение повторил в 2004-м А. В. Шувалов и прибавил: «Четверо сыновей ученого страдали маниакально-депрессивными расстройствами, две дочери характеризовались как "своеобразные личности"». Правда, сам Дарвин не был эксцентричен, не пил и с собой не кончал (как и его дети), и нет ни одного документа, подтвердившего бы, что у его сыновей, людей успешных, имелись маниакально-депрессивные расстройства (некоторые из них чересчур, по мнению окружающих, тряслись над своим здоровьем, но это не то же самое), однако все это тоже сочли не важным.

Были у русских и самостоятельные версии: И. Б. Талант связывал болезнь Дарвина с «неадекватной функцией адреналовых желез»; В. П. Эфроимсон писал: «Сочетание ипохондрии, краткой продолжительности рабочего дня с гигантской продуктивностью… не позволяет исключить циклотимию того типа, которая, не доводя до острых состояний депрессии, создает периоды гипоманиакального подъема». И. Э. Лалаянц предположил у Дарвина синдром хронической усталости, М. Е. Бурно оценил его как психастеника — «конфликт ранимого самолюбия с чувством неполноценности». В статье Н. Ласковой, часто цитируемой популярными изданиями, больной выглядит совершенной развалиной: его мучили «ощущения надвигающейся смерти, страха потери контроля над собой и симптомов, близких к деперсонализации.