Эмма, быть может, потому не была сумасшедшей матерью, что максимально сосредоточилась на муже. Это замечали (и не одобряли) ее подруги и родственники. Сама она писала тетке, Фанни Аллен, 7 февраля 1840 года: «Для меня большое счастье, когда Чарлз так нездоров, что едва может появляться в обществе, и это не как у остальных Дарвинов, которые никогда не признаются, как они себя чувствуют; он всегда рассказывает мне о своем самочувствии и не замыкается в себе, а остается таким же нежным, как обычно, и я чувствую, что со мной ему хорошо. Он самый нежный человек на свете, нежнее родной сестры… Это очень хорошо, что он умеет выражать свою любовь, и я уверена, что его дети будут его обожать». Вряд ли она замечала, что в ее словах есть что-то эгоистичное. Многим женщинам нравится видеть мужа больным и слабым: когда он силен, им кажется, что он ускользает от них.

В конце февраля он вроде бы оправился, занялся рифами, читал труд Юатта о выведении пород, начал употреблять в записях термин «отбор» (picking), впоследствии замененный на selection. В апреле вновь ухудшение, пробыл три недели в Шрусбери, надеясь, что отец его вылечит, но тот не смог даже обнаружить болезнь. Летом было то хуже, то лучше, писал мало, развлекался наблюдениями за жизнью червей. В июне гостили с женой в Шрусбери и Мэре, привезли оттуда няню для Вилли, пятнадцатилетнюю Бесси Хардинг. Эмма уже носила второго ребенка. Ее муж прохворал почти всю осень, а 14 ноября ни с того ни с сего проснулся здоровым (такое с ним будет случаться регулярно).

Он понял, что его работа о происхождении видов — теоретическая спекуляция, ее нужно подтверждать фактами, придется много анатомировать, без этого не докажешь, что разные животные имеют схожее строение. С охотой он завязал, решил обходиться умершими животными, выпрашивал по соседям дохлых кошек, собак и мышей. Фоксу, январь 1841 года: «Не забудь, если твой полуафриканский кот умер, буду очень признателен за его тушку, любые голуби, домашние утки, кто вдруг умрет, присылай». В феврале «ленился и болел», 19 февраля ушел в отставку с поста секретаря Геологического общества. Наконец разделался с «Птицами» и другими томами «Зоологии», кроме «Рыб», в рыбах он почти ничего не смыслил, временно плюнул на них и сосредоточился на геологии. В зоопарке радость: привезли новую девочку — орангутана, Дженни Вторую, ходил к ней с подношениями, приводил Вилли, сравнивал, как реагируют на зеркало человечий и обезьяний детеныши: Дженни была старше, но Вилли умнее. Опять схлестнулся с Агассизом — тот утверждал, что некогда Британские острова были полностью покрыты льдом. Не верил он в этот лед.

Запись в дневнике от 2 марта: «Рассортировал заметки о теории видов». В тот же день родилась Энн Элизабет, Энни. Мать переживала то, что мы теперь называем родовой депрессией, ее муж этого слова не знал, но интуитивно сообразил, что делать, — пригласил к ней учителя музыки, чешского виртуоза Игнация Мошелеса, помогло. 14 апреля в Геологическом докладывал о «блудных» валунах и песках Бразилии. Лайель предложил прочесть курс лекций в США — с энтузиазмом засобирался ехать. (Это к вопросу о «затворничестве» и «страхе публичных выступлений».) В конце мая прибыли всей семьей в Мэр, потом Чарлз с Вилли и няней перебрался в Шрусбери (жена осталась у своих), там Чарлз внезапно слег, Роберт опять не смог определить, чем болен его сын, но признал, что с ним не все в порядке. Чарлз с грустью писал Лайелю: «Страшным ударом для меня было принять вывод "дорогу сильному" и понять, что я должен буду восхищаться научными успехами других, хотя мог бы так много сделать сам».