В конце жизни он разговорился с Джоном Обри о прошлом. Гарвей вспоминал не о чудесных годах, проведенных с Элизабет, и не о ее смерти, а о том, как в 1642 году потерял почти законченную рукопись о насекомых. По словам Обри, Гарвей сказал ему, что эта потеря стала «величайшим страданием» за всю его жизнь. Вот о чем сокрушался истинный ученый, получавший настоящее удовольствие от постоянных попыток открыть и понять как можно больше явлений и процессов, происходящих в природе. Наибольший интерес для Гарвея представляли вскрытие и вивисекция любого вида живого существа, попадавшего ему в руки, будь то креветка, жаба или 152-летний Томас Парр.

Последние семь из семидесяти девяти лет жизни он провел в доме своего единственного оставшегося в живых брата Элиаба, очень богатого человека. У Элиаба был собственный камердинер и, также по воспоминаниям Джона Обри, «хорошенькая, молодая служанка, чтобы ходить за ним, и которую, как я полагаю, он, подобно царю Давиду, использовал, чтобы согревать свое тело…»

Доктор Джордж Энт, молодой и преданный поклонник Гарвея, посетивший в 1649 году ушедшего на покой ученого, заметил, что у того имелись многочисленные, но никак не систематизированные записи, относящиеся к исследованиям эмбрионов. Энт сразу же понял, насколько важны эти эмпирические и экспериментальные наблюдения, и постепенно сумел получить от Гарвея согласие на редактуру и издание книги, в которой описывались бы его разнообразные эмбриологические опыты. Книга эта увидела свет в 1651 году. В ней Гарвей выдвигает принципиально новую теорию о том, что все формы жизни зарождаются из яйца и первоначально развиваются в яйце. В отличие от теории кровообращения, эта эмбриологическая концепция получила подтверждение лишь в 1827 году, когда Карл Бэр обнаружил яйцеклетку в яичнике женщины.

Уильям Гарвей умер в 1657 году от инсульта. Его похоронили в склепе под часовней, воздвигнутой Элиабом возле церкви в Хепстеде, в графстве Эссекс. Шли годы, окна в склепе разбились. Свинцовый гроб, в котором покоилось тело Гарвея, заливали водой дожди, а подростки забрасывали его камнями. В конце концов гроб треснул. Узнав об этом, члены Королевской коллегии врачей решили вынести поврежденный гроб из склепа и перезахоронить его в Вестминстерском аббатстве. Этого им сделать не удалось, и тогда они торжественно перенесли гроб из склепа в расположенную непосредственно над ним часовню. Там его поместили в роскошный мраморный саркофаг, где тело Уильяма Гарвея и обрело вечный покой.

За какие-то семнадцать лет первой трети XVII века свет увидели три величайших издания на английском языке: перевод Библии, утвержденный королем Яковом I (1611), так называемое «Фолио» пьес Шекспира (1623) и перевод на английский язык трактата Гарвея «Exercitatio anatomica de motu cordis et sanguinis in animalibus» («Анатомическое исследование о движении сердца и крови у животных»), который на протяжении уже многих веков называют просто «De motu cordis» («О движении сердца»). Можно сказать, что эта книга стала для мировой медицины тем же, чем перевод Библии для английской церкви, а шекспировское «Фолио» — для английской литературы.

До появления этой скверно изданной (126 ошибок в первом издании) семидесятидвухстраничной книги, состоящей из семнадцати глав, ни один английский ученый не издавал столь значимого труда по медицине. Было отпечатано, по всей видимости, двести экземпляров, из которых (по данным Джеффри Кейнса) сохранилось только пятьдесят три.