Это событие стало величайшим триумфом Пастера. Он снова признанный герой в национальном, да и в международном, масштабе. Уже через несколько дней тысячи владельцев крупного и мелкого скота стали засыпать его просьбами о поставке чудодейственной вакцины от сибирской язвы, лаборатория отправляла им сотни ампул. Поток изъявлений международного признания просто захлестывал Пастера и его сотрудников. Однако не все было хорошо — сотрудники Пастера еще не отработали систему приготовления вакцины, которая обеспечивала бы ее нетоксичность и гарантировала выработку иммунитета у вакцинированных животных. Неудивительно, что вскоре стали поступать сообщения о случаях, когда вакцина либо убивала овец и коров, либо оказывалась неспособной защитить их от заражения сибирской язвой.

Роберт Кох, оскорбленный тем, что Пастер никогда не ссылался на его основополагающие исследования сибирской язвы, воспользовался этой ситуацией и опубликовал ряд статей, в которых яростно критиковал работы Пастера. Пастер, обидевшись на эту критику, обрушившуюся на него буквально через несколько месяцев после триумфа в Пуайи-ле-Фор, выступил с резкими нападками на Коха на Четвертом Международном конгрессе по гигиене и демографии, который проходил в 1882 году в Швейцарии.

После выступления Пастера председатель заседания пригласил Коха выступить с ответным словом, и тот в самой оскорбительной манере заявил, что приехал на конгресс узнать что-то новое об ослаблении действия бактерий, но ничего интересного не услышал. Он отказался отвечать на замечания Пастера, потому что не считал конгресс подходящим местом для дискуссий — а также и потому, что плохо говорил по-французски, тогда как Пастер вообще не владел немецким языком. Кох пообещал, что обратится в соответствующие медицинские журналы и через них даст ответ на критику Пастера и укажет на ошибки в его исследованиях (действительно, он сделал это в нескольких журналах). Тогда Пастер язвительно заметил, что если бы Кох потрудился выучить французский язык, то узнал бы на конгрессе много нового.

После конгресса Кох в своих статьях указывал, что введение пастеровской вакцины против сибирской язвы часто убивало животных, которых должно было бы защитить, и что число случаев, когда прививка не помогала предотвратить сибирскую язву, особенно у овец, недопустимо велико. С учетом этих опасных обстоятельств Кох изучил содержимое нескольких ампул с предположительно чистой культурой ослабленного возбудителя сибирской язвы, полученных из лаборатории Пастера. Он установил, что культура нередко оказывалась заражена другими бактериями, не имеющими отношения к сибирской язве, а бациллы сибирской язвы часто были недостаточно ослабленными и, следовательно, смертельно опасными. Разумеется, эти данные доказывали, что вакцину готовили чересчур поспешно и недостаточно тщательно.

Одна из статей, где Кох критиковал методы Пастера и используемые им средства для представления и демонстрации вакцины от сибирской язвы, заканчивалась фразой, раз и навсегда превратившей двух научных гигантов в злейших врагов. Она звучала так: «Поведение такого рода может быть вполне уместным для рекламы делового предприятия, но науке следует решительно отвергнуть его». Впрочем, как мы сможем убедиться, в 1890 году сам Кох прибег к подобным же методам для представления своего туберкулина.

Несмотря на яростную критику со стороны Коха, в 1884 году Пастер смог провести повторную демонстрацию эффективности вакцины против сибирской язвы уже в самой Германии. То был настоящий триумф! А кроме того, все помнили его предшествующие достижения — создание науки стереохимии, спасение французского виноделия, пивоварения и шелкопрядильного производства.