Несмотря на ослабление авторитета выдающегося ученого, германское правительство выполнило свое обещание и построило Институт инфекционных болезней, носящий имя Коха. В 1893 году, позируя для портрета, который предполагалось повесить в здании института, Кох вдруг увидел портрет изумительно красивой молодой женщины. Он не мог отвести глаз от прелестного лица. Бывшая его жена, Эмми, никогда не отличалась красотой, а теперь, когда ей было далеко за сорок, и вовсе не привлекала Коха. Он сразу решил, что должен встретиться с юной красавицей — и не имеет значения, что ему уже исполнилось пятьдесят, а она на тридцать лет моложе! Может быть, его слава увлечет ее и она забудет о его возрасте. Кох понял, что сделает все от него зависящее, чтобы найти и завоевать эту женщину.

Художник, написавший портрет, рассказал, что красавицу зовут Хедвига Фрайбург, что она немного учится живописи, немного играет в театре и не замужем. Пылкое и лихорадочное ухаживание Коха оказалось успешным. Они поженились в том же, 1893 году, через несколько месяцев после его развода с Эмми.

Большинство историков медицины склонны утверждать, что общественный остракизм, преследовавший Коха после его женитьбы на двадцатиоднолетней Хедвиге, очень оскорбил его. Однако вряд ли Кох, найдя свой «образец красоты», хоть на минуту пожалел о бесконечной рутине официальных ужинов в компании старомодно одетых жен академиков и чиновников, в чьем обществе он вращался ранее.

Но если берлинское общество тяготило Коха, исследования занимали его по-прежнему. А после свадьбы в нем с новой силой пробудилось давнишнее желание посетить далекие экзотические страны. Поэтому с 1893 годаи до самой своей смерти в 1910 году Кох почти постоянно ездил по разным районам Африки и Индии, где искал возможные способы искоренения сонной болезни, холеры, малярии и неизлечимых инфекционных заболеваний, убивавших крупный и мелкий рогатый скот. Молодая жена сопровождала его почти во всех поездках. В последние годы своей жизни он посетил Соединенные Штаты и Японию — на сей раз, чтобы насладиться признанием и почестями, которые, как он рассчитывал, должны были оказать ему в этих великих странах. И он не был разочарован в своих ожиданиях.

Тем не менее в 1901 году его гордости был нанесен ощутимый удар: первую Нобелевскую премию по медицине присудили его бывшему студенту, а позже заклятому врагу Адольфу фон Берингу. Впрочем, трагическая ошибка Коха, преувеличившего терапевтические возможности туберкулина, не могла заслонить великолепие и новизну его собственных изысканий в области бактериологии. В 1905 году Роберт Кох также стал лауреатом Нобелевской премии.

К концу жизни у Коха появились симптомы коронарной болезни, и в 1910 году он перенес инфаркт миокарда. Вместе с женой ученый приехал в Баден-Баден, где надеялся оправиться от сердечного приступа, однако вскоре после приезда умер.

Кроме Хедвиги, на похоронах присутствовали только десять человек; к гробу возложили одиннадцать венков. Согласно воле покойного, священника на церемонию не приглашали. Единственным ученым на траурной церемонии был достаточно известный исследователь Георг Гаффки. Он произнес речь, продолжавшуюся несколько минут, после чего началось прощание. Через шесть минут все закончилось.

Роберт Кох не отличался ни благородством, ни особой любезностью. Именно отсутствием этих двух качеств частично объясняется тот факт, что истинный отец бактериологии не стал подлинным героем медицины. История его жизни не вдохновила ни кинематографистов, ни драматургов; при всем блеске лабораторных работ Коха сам он был довольно скучным человеком.