Эдвард не мог претендовать на поступление в лучшие медицинские учебные заведения того времени — Оксфордскую или Шотландскую медицинские школы. Хотя в системе английской медицины уже начинались какие-то изменения, в ней еще сохранялось разделение на врачей и хирургов. Хирурги были гораздо менее образованны и приобретали познания в медицине скорее на практике, чем в университетах. Колледж врачей носил звание Королевского, хирургический колледж — нет. К врачам обращались «доктор», к хирургам — «господин».

Хотя никаких особенных академических успехов у Эдварда не было, его знаний хватило на то, чтобы стать учеником младшего хирурга. В восемнадцатом веке английские дети из любого слоя общества часто брали на себя взрослые обязанности в гораздо более юном возрасте, чем сегодня. В частности, учениками хирургов становились, по нашим меркам, совсем еще юнцы. Дженнер стал учеником сельского хирурга Джона Ладлоу, когда ему едва исполнилось тринадцать, и проучился у него шесть лет. Работая под руководством Ладлоу, он с интересом слушал, о чем рассказывали сельские жители своему хирургу. В частности, в 1768 году, уже в конце обучения, он услышал разговоры о том, что доярки, заражавшиеся коровьей оспой, в дальнейшем никогда не заболевали оспой человечьей. (Коровья оспа — это неопасная болезнь, поражающая вымя и соски коров, причем только в Британии и в других странах Западной Европы.) Именно эта история навела Дженнера на мысль о том, что намеренное заражение людей коровьей оспой может в будущем предохранить их от заболевания страшной болезнью.

Прежде чем Дженнер получил возможность проверить правильность своей идеи, он переехал в Лондон, где поступил на учебу в больницу Святого Георга. В то время эта больница не пользовалась ни широкой известностью, ни уважением, хотя ее главному хирургу, Джону Гунтеру, вскоре суждено было завоевать репутацию самого выдающегося хирурга в Англии. А тогда Гунтер решил сдавать комнаты в своем доме студентам, и его первым постояльцем стал Дженнер.

Дженнер стал близким другом Гунтера, хотя по характеру эти люди совершенно не походили друг на друга. Шотландец Гунтер отличался нарочитой грубостью, нетерпением, мог быть невежливым и наглым, ему нравилось казаться деспотичным и критиковать всех и вся. Более молодой Дженнер был добрым, терпеливым, заботливым, вежливым и кристально честным человеком. Гунтер считал, что спокойствие Дженнера оказывает благотворное действие на людей, а Дженнер часто называл Гунтера «милейшим человеком». Понимая, что любой, кто осмелится критиковать Гунтера или не соглашаться с ним, вызовет у того приступ гнева, Дженнер из кожи вон лез, чтобы защитить своего учителя; он знал, что у Гунтера развивается по тем временам загадочная и, как правило, смертельная болезнь — стенокардия.

Ни в одной британской медицинской школе Дженнер не мог бы получить таких уникальных знаний, как за два года работы в больнице Святого Георга. Он накопил значительный опыт применения новейших хирургических методик и, что еще важнее, научился у Гунтера не гадать, а доказывать или опровергать гипотезы на основании хорошо продуманных опытов. В наше время такой подход считается само собой разумеющимся, но в XVIII веке он воспринимался как нечто новое.

Именно в те годы зарождалась новая наука — физиология. Гунтер всегда ставил на первое место анатомию, но постепенно и он начинал понимать, что физиология не уступает ей по значимости. Со временем у него скопилась коллекция из примерно тринадцати тысяч анатомических, патологических и биологических препаратов (позже она легла в основу создания Гунтеровского музея). Поскольку Дженнер хорошо знал эту коллекцию и имел большой опыт классификации препаратов, в 1771 году Гунтер рекомендовал его капитану Джеймсу Куку, вернувшемуся в Англию после плавания на «Индеворе».