Когда Везалий писал о том, что «скверный характер скульпторов и художников» заставлял его чувствовать себя «хуже, чем тела, которые я вскрывал», он, вероятно, вспоминал свои ссоры с другими иллюстраторами, но не со Стефаном. Везалий остро нуждался в его таланте, но, по всей видимости, не смог заручиться его услугами при иллюстрировании оставшихся пяти книг. Качество рисунков, начиная с третьего тома, явно ухудшается. Дело не в том, что иллюстрации, представляющие вены и артерии в третьем томе или нервную систему в четвертом, органы брюшной полости в пятом, сердце и легкие в шестом и мозг в седьмом томе, плохи; просто они более схематичны, не так очевидна принадлежность органов человеку, а их исполнению не хватает художественного блеска.

Описывая внутренние органы (печень, селезенку, матку), Везалий слишком часто ставил в качестве иллюстраций изображение органов собаки или свиньи, а не человека. Кроме того, он не заметил присутствия в организме человека поджелудочной железы, яичников и надпочечников. Конечно, найти эти органы, особенно в разлагающихся трупах, довольно трудно. Однако Везалий мог бы лучше изучить, например, строение матки. Скорее всего, дело в том, что найти женский труп для вскрытия было труднее. Тем не менее известно, что у него была возможность обследовать половые органы по меньшей мере двух женщин. По каким-то причинам он так боялся рассечь девственную плеву, перекрывающую вход во влагалище, что совершенно не заметил маточные трубы на другом конце половых путей, кроме того, данное им описание матки беременной женщины и зародыша поражает какой-то средневековой грубостью.

Везалий проделал отличную работу по изучению основных артерий и вен, однако сердце и легкие описал не намного лучше Галена. Он так увлекся присвоением греческих, латинских или древнееврейских названий различным мышцам и тканям, что ни разу не задумался о том, чтобы дать какой-то из них свое собственное имя.

Если тома с третьего по пятый Везалий писал с меньшим вдохновением, чем два первых, посвященных костям и мышцам, то при написании шестого тома, посвященного мозгу, к нему вернулся прежний энтузиазм. И иллюстрации по качеству тут приближаются к иллюстрациям первого и второго томов (хотя и не достигают их уровня). Анатомические открытия Везалия, относящиеся к различным отделам мозга, имели огромное значение. До Везалия структура мозга и его функции оставались практически неизученными. С изданием седьмого тома стали понятны хотя бы некоторые структурные особенности головного мозга; с этого времени анатомы уже не могли игнорировать его существование.

В «Фабрике» Везалия содержался огромный объем научной информации, и неудивительно, что книга стала мощнейшим стимулом к дальнейшему развитию медицинской науки. Труд Везалия преподнес медицине такой бесценный дар, как научный метод: впервые были разработаны важнейшие инструменты исследования, которыми в будущем предстояло пользоваться медицинской науке: полное отрицание сверхъестественного начала, прямолинейный, бесстрастный язык, точное иллюстрирование, безжалостная жестокость вивисекции, необходимость определения приоритета открытия, формулировка обобщений на основании четко выстроенных отдельных наблюдений.

Через несколько недель после выхода в свет трактата «О строении человеческого тела» был издан его великолепный конспект — «Извлечение» («Epitome»). Эта книга, гораздо меньшая по объему, предназначалась для студентов-медиков, которые могли бы пользоваться ею непосредственно у анатомического стола. В «Извлечение» было включено несколько полностраничных рисунков скелетов и мышц из «Фабрики». Изумительным украшением стали два добавленных в книгу рисунка, также на целую страницу, изображающие красивого обнаженного мужчину (Адама) и обольстительную обнаженную женщину (Еву).