В половине первого Коллингвуду удалось прорезать строй кораблей Вильнёва. При этом английские корабли давали мощные залпы обоими бортами с дистанции в несколько десятков метров, причиняя противнику тяжелые потери. Ядра, выпущенные почти в упор, производили страшный урон, калеча людей, ломая мачты и надстройки. Опытные английские артиллеристы стреляли втрое быстрее, чем испанские и французские, и это решило исход боя.

В час дня колонна Нельсона прорезала франко-испанский центр. Линейный корабль «Виктория» дал продольный залп по флагманскому кораблю Вильнёва «Буцентавр». При этой атаке сам Нельсон был смертельно ранен ружейной пулей в грудь и умер еще до окончания сражения, но на его исход смерть командующего уже повлиять никак не могла. Последними словами Нельсона стало восклицание: «Все кончено, они добились своего. Слава Богу, я исполнил свой долг!»

Как и предполагал Нельсон, авангард Вильнёва прибыл к месту боя с большим опозданием. Правда, его появление отвлекло на себя основные силы заменившего Нельсона Коллингвуда, что позволило 11 судам испано-французского арьергарда оторваться от противника и уйти в Кадис.

К половине шестого вечера сражение завершилось полным разгромом франко-испанского флота. Англичане полностью сожгли один («Ахилл») и захватили 17 неприятельских кораблей (8 французских и 9 испанских). Сами они при этом потерь не имели (16 их кораблей, правда, были серьезно повреждены и отправлены назад в Англию). Потери англичан составили примерно 1600 человек убитыми и ранеными, а испанцы и французы потеряли более 7000 человек убитыми, ранеными и взятыми в плен. Командующий испанскими силами вице-адмирал Гравина был смертельно ранен, а сам Вильнёв, чей флагманский корабль «Буцентавр» лишился всех мачт, попал в плен.

В сражении при Трафальгаре адмирал Вильнёв проявил личное мужество, но так и не смог повлиять на его исход. Как писал Альберт Манфред, «французский флот был неизмеримо слабее английского, и не вина Вильнёва, а его трагедия состояла в том, что он не смог одолеть могучего противника».

Титулованного пленника вместе с другими его товарищами по несчастью доставили в Англию.

Узнав о разгроме своего флота, Наполеон был крайне опечален. О Вильнёве император с негодованием сказал: «Этот офицер в генеральском чине не был лишен морского опыта, но ему не хватало решимости и энергии. Он обладал достоинствами командира порта, но не имел качеств, необходимых солдату».

В Англии Вильнёва и других офицеров поместили, конечно же, не в тюрьму, а в укрепленную загородную резиденцию, где они могли жить относительно свободно, а охрана предназначалась, в основном, для их же защиты от проявлений неприязни со стороны местного населения.

Вильнёв был поселен в один дом с другими старшими офицерами, где все ели за одним столом. Вице-адмирал был мрачен и проявлял эмоции только тогда, когда газеты объявляли об очередной французской победе.

Так продолжалось с октября 1805 года по апрель 1806 года. Дни были похожи один на другой и тянулись неимоверно долго, а когда, наконец, пробил час освобождения, предстоящее возвращение во Францию не показалось Вильнёву концом всех его мучений. Драма Трафальгарского разгрома и чувство стыда за потерянный флот причиняли ему боль, он даже несколько раз обращался к врачам. Он прекрасно понимал, что во Франции его ждет испытание пострашнее английских ядер: его ждал суровый отчет перед императором и, без сомнения, военный трибунал.

Пробыв шесть месяцев в плену, Вильнёв был освобожден под честное слово не служить более против англичан и отправлен на родину в порт Морле.