Агенты III Отделения доносили, что известие о прощении царём Пушкина было встречено обществом с радостью: «Все искренне радуются, — писал один из агентов, — великодушной снисходительности императора, которая, без сомнения, будет иметь счастливые последствия для русской литературы». Однако Бенкендорф и его помощники имели свой взгляд на дело. Они воспринимали освобождение поэта от цензуры как опрометчивый шаг. Пушкин был крамольным поэтом, более опасным, чем только что повешенный Рылеев. Тот обладал посредственным литературным талантом и мог оказывать лишь ограниченное влияние на умы.

Итак, на встрече в Чудовом монастыре Пушкин беседовал с монархом главным образом о новой трагедии «Борис Годунов». После беседы он получил уверенность, что ему удастся «тиснуть» пьесу. Но в дело вмешалась тайная полиция. Почта перехватила письмо московского издателя М.П. Погодина к Пушкину относительно передачи в цензуру отрывка из «Бориса Годунова» и возможного запрета публикации в петербургской цензуре. Письмо было датировано 15 ноября 1826 г. Бенкендорф велел начать розыск и обратился к доверенным лицам за разъяснением, кто такой Погодин и каково направление его вновь основанного журнала «Московский вестник». Из Записки, поданной Булгариным в III Отделение, следовало, что Погодин — человек с либеральным душком и таковы же его покровители Пушкин и Вяземский. О Пушкине доносчик отозвался как о человеке, принадлежавшем к мятежникам «не по участию в заговоре, но по одинаковому образу мыслей и дружбы с главными матадорами», т.е. вождями декабристов.

Донос дал Бенкендорфу повод для придирок. В письме от 22 ноября шеф жандармов потребовал от Пушкина ответа, почему он читал «Бориса Годунова» в Москве без предварительного на то разрешения и почему он оставил без ответа его первый «отзыв». По поводу «отзыва» (наставления от 30 сентября) Бенкендорф заметил: «Должен, однако же, заключить, что оный к вам дошёл, ибо вы сообщили о нём некоторым особам». Глава сыскного ведомства дал ясно понять стихотворцу, что за ним учинена слежка и жандармерии известно каждое его слово.

26 ноября Бенкендорф направил распоряжение полковнику И.П. Бибикову в Москву: «Вы меня бесконечно обяжете, если найдёте средство получить и представить нам в копиях поэтические отрывки, которые сей последний (Пушкин. — Р.С.) собирается передать Погодину для публикации в его журнале».

Пушкин был ошеломлён неожиданным нападением. Он полагал, что произошло какое-то недоразумение. В письме от 29 ноября 1826 г. он пытался объяснить жандарму, что читал трагедию «не из ослушания, но только потому, что худо понял высочайшую волю государя» (т.е. понял эту волю как полное освобождение от цензуры). В панике Пушкин тут же написал письмо Погодину с просьбой остановить прохождение через московскую цензуру всех его сочинений.

В поведении Пушкина не было ровным счётом ничего крамольного. Это было засвидетельствовано в ответе Бибикова на запрос Бенкендорфа. Тот доносил из Москвы, что в журнале Погодина «нет никаких либеральных тенденций; он чисто литературный», что чтение драмы в Москве не могло принести вреда, так как он «из хорошего источника» знает, что «трагедия не заключает в себе ничего противоправительственного».

Но Бенкендорфу надо было припугнуть Пушкина. Жандармерия была новым ведомством, и ему надо было потеснить другие бюрократические учреждения, чтобы обеспечить себе поле деятельности. Ранее цензура находилась всецело под контролем Министерства народного просвещения. Новшество — личная цензура царя — на деле должна была быстро превратиться в цензуру секретной полиции.

29 ноября Пушкин направил письмо вместе с текстом «Бориса Годунова» в Петербург Бенкендорфу для передачи императору.