Поэт не сразу осознал, что произошло. Место общей цензуры с её простой схемой (автор — цензор — автор) должна была занять личная цензура царя, предполагавшая сложную схему (автор — Бенкендорф — тайный рецензент из числа осведомителей III Отделения — царь — Бенкендорф — автор). Понятно, почему, беседуя со своим биографом М. Корфом, Николай I предпочёл не вспоминать о своём решении по поводу цензурных милостей, объявленных поэту. Вопрос был щекотливый.

Сразу после гибели Пушкина Жуковский в 1837 г. обратился к Бенкендорфу с гневными словами: «Государь хотел своим особым покровительством остепенить Пушкина и в то же время дать его Гению полное его развитие; а вы из сего покровительства сделали надзор, который всегда притеснителен…» Жуковский ближе всех других наблюдал за развитием отношений между поэтом и властями, и именно он всего точнее уловил смысл происшедшего. Бенкендорф превратил покровительство царя в цензуру со стороны III Отделения.

Адам Мицкевич полагал, что Пушкин был первым, кто пользовался свободой печати в России. Но он ошибался.

В Записке о Н.М. Карамзине Пушкин особо подчёркивал, что император Александр I освободил «Историю» Карамзина от всякой цензуры. Ни о какой личной цензуре царя в отношении Карамзина не было и речи. Николай I всего лишь следовал примеру брата, даруя Пушкину свободу от цензуры. Однако времена либерального правления прошли. После разгрома тайных обществ и казни декабристов непомерное влияние на государственные дела приобрело сыскное ведомство. Его глава Бенкендорф получил возможность манипулировать монархом.

С аудиенцией в Кремле связан любопытный эпизод. Рассказывали, будто на лестнице во дворце поэт выронил из кармана некие возмутительные стихи, которые он затем сам же и подобрал. Никто не знал в точности, о каких стихах шла речь. Соболевский называл стихотворение Пушкина «Пророк». Однако Нащокин утверждал, что Пушкин сжёг «Пророка» в Михайловском, едва узнал о вызове к императору. Оспаривая свидетельство Нащокина, Соболевский сделал помету на полях текста с его воспоминаниями: «Пророк приехал в Москву в бумажнике Пушкина». Версия Соболевского сводилась к тому, что эпизод имел место не во дворце, а в его (Соболевского) доме: «Вот где он выронил (к счастью, что не в кабинете императора) своё стихотворение на 14 декабря, что с час времени так его беспокоило, пока оно не нашлось!!!» Пушкин не мог посетить дом Соболевского до беседы с Николаем, так как был доставлен прямо в Кремль. Но после аудиенции он побывал у Соболевского, где уже 10 сентября, т.е. через день после царского приёма, читал «Бориса Годунова». Не вполне ясно, в какой из дней Пушкин, будучи на квартире Соболевского, успел сначала выронить стихи, а через час обнаружить пропажу. В начальной редакции стихотворение не имело названия и начиналось словами: «Великой скорбию томим». Беспокойство Пушкина по поводу пропажи стихотворения связывают с тем, что оно было крамольным и заключало в себе намёки на события 14 декабря. Однако «крамолу» поэта в этом случае не следует преувеличивать. Первоначальный вариант сочинения датируется временем после казни декабристов: 24 июля — 3 сентября 1826 г. В названное время Пушкин пришёл к мысли о необходимости и неизбежности примирения с правительством.

Первая редакция будущего «Пророка», кажется, была уничтожена. Но поэт не мог уничтожить всех своих крамольных стихов, которые гуляли по России в списках и передавались из рук в руки.

В середине августа 1826 г. Бенкендорф получил от генерала И.Н. Скобелева текст стихов, имевших заголовок «На 14 декабря», вместе с доносом на поэта. Пушкинисты полагают, что поэт имел объяснение с царём по поводу этих стихов уже во время встречи в Чудовом монастыре. Источники рисуют иную картину.

Наблюдением за Пушкиным руководил с июня 1825 г.