Крепостные тюрьмы были очень удобны для содержания политических преступников. Камеры устраивали в башнях, казематах или в гарнизонных казармах на дворе крепости. Иногда там же строили специальное здание для заключенных. Если Петропавловскую крепость можно назвать следственной крепостной тюрьмой, то тюрьмой для постоянного содержания узников служила Шлиссельбургская крепость, хотя и в ней проводили расследования по делам Долгоруких (1738–1739 гг.), Э.И. Бирона в 1741 г., Н.И. Новикова в 1792 г. Одним из первых узников крепости на острове стал знатный пленный — канцлер Карла XII граф Пипер, доставленный в Шлиссельбург в июне 1715 г. Его, согласно указу Петра I, разместили «в квартире в удобном месте» и разрешали гулять по крепости в сопровождении приставленного к нему охранника. Там он и умер, как считали жившие в Петербурге иностранцы, от сурового обращения стражи (633-11, 54, 150-1, 60). В 1718 г. в Шлиссельбурге поселили царевну Марию Алексеевну, которой отвели «хоромы близ церкви», оставили при ней слуг и небольшую свиту (325-1, 314–315). В 1725–1727 гг. в крепости жила старица Елена — бывшая царица Евдокия. Берхгальц в 1725 г. видел Елену, которая прогуливалась, «окруженная сильною стражею», по двору дома, в котором она жила. «Это был один из четырех деревянных домов в крепости. Другими были императорский дворец, дом Меншикова и дом коменданта» (150-4, 120–121). О содержавшихся в конце 1730-х гг. в Шлиссельбурге князьях Дмитрии Голицыне и Михаиле Долгоруком известно только, что их водили под караулом в крепостную церковь на службу (385, 745). Менее знатных преступников содержали в солдатских казармах, разбросанных по двору крепости.

Самым знаменитым безымянным колодником русской истории стал бывший император Иван Антонович, живший в Шлиссельбургской крепости в 1756–1764 гг. Содержали этого «безымянного колодника» с большой строгостью. Особенно она усилилась после того, как в 1762 г. началось дело Хрущова и братьев Гурьевых, которых обвиняли в намерении возвести Ивана на престол. Бывший император жил в отдельной казарме. Ее охраняла особая воинская команда во главе с офицерами, которые находились в непосредственном подчинении начальника Тайной канцелярии. Узник находился безвыходно в камере. Окна ее не были забраны решетками, но их тщательно закрывали и замазывали белой краской, свечи в казарме горели круглосуточно. Ивана Антоновича держали без оков, спал он на кровати с бельем, в камере стояли стол и стулья. Узник имел цивильную, неарестантскую одежду и, возможно, книги духовного содержания. Ни на минуту его не оставляли одного, караул из нескольких солдат постоянно сидел с ним в камере. Дежурный офицер жил в соседней комнате и обедал за одним столом с узником. Кроме внутреннего караула снаружи был особый внешний караул. На время уборки, которую делали приходившие из крепости служители, секретного арестанта отводили за ширму.

В 1763 г., после приезда в Шлиссельбург Екатерины II, караульные офицеры Данила Власьев и Лука Чекин получили новую инструкцию. Согласно ей они могли убить узника, если кто-то попытается освободить его. Когда в ночь с 4 на 5 августа 1764 г. подпоручик Мирович с солдатами хотел захватить казарму, в которой сидел Иван Антонович, Власьев и Чекин умертвили узника.

В ралорте от 5 августа Н.И. Панину они писали: «И потом те же неприятели и вторично на нас наступать начали и уграживать, чтоб мы им сдались. И мы со всею нашею возможности) стояли и оборонялись, и оные неприятели, видя нашу неослабность, взяв пушку и зарядя, к нам подступили. И мы, видя оное, что уже их весьма против нас превосходная сила, имеющегося у нас арестанта обще с поручиком умертвили. И больше, видя свою совсем невозможность, принуждены были уступить свое место» (662, 295).