Казалось бы, духовенство имело основания торжествовать победу над светской властью — была отклонена угроза потери имений, удалось добиться ликвидации учреждений, рожденных секуляризацией (Коллегии экономии), отзыва офицеров, отправленных для составления описей имений. Указ возвращал духовенству право распоряжаться всеми доходами; коснулся он и положения крестьян, которым велено было пребывать в послушании монастырского и архиерейского начальства; ослушников же ожидали суровые кары.

Но дальнейшее развитие событий опрокинуло радужные надежды церковников, ибо обещание императрицы не покушаться на имения духовенства было чистым обманом, временной уступкой, призванной внести в его ряды успокоение. Цитированный выше указ 12 августа должен был насторожить духовенство — ведь он учреждал «особенную из духовных и светских персон комиссию», которой поручалось разработать «меры о порядочном и как для церкви и духовного чина безобидном, так и для отечества полезном управлении».

Коронационные празднества и связанный с ними переезд двора в Москву замедлили формирование комиссии о монастырских имениях. Она была создана лишь 29 ноября, в нее назначили только трех представителей духовенства и пять светских персон. Все они были сторонниками секуляризации, и императрица с полным основанием ожидала угодного себе постановления. Инструкция обязывала комиссию определить расходы как на содержание монастырей и архиерейских домов, так и на учреждение училищ и содержание инвалидов. Чтобы решить эту задачу, комиссии надлежало выполнить предварительно кропотливую и трудоемкую работу: составить подробную опись имущества всех вотчин с указанием плодородия почвы и расстояний до больших городов, сочинить типовую инструкцию приказчикам и определить оптимальную форму повинностей — посадить крестьян на барщину или на оброк. На базе этих данных комиссия должна была определить меру хлебных и денежных доходов, а также штаты духовных учреждений. Однако главная задача комиссии, согласно инструкции, состояла в ответе на вопрос: «или нашему мнению последовать, или что лучше еще и благоугоднейше к пользе народной придумать». Иными словами, комиссия должна была либо согласиться с указом императрицы об отмене секуляризации, либо, напротив, рекомендовать ее осуществить.

Комиссия, разумеется, высказала единодушное мнение о необходимости осуществить секуляризацию. И если время от ее учреждения до обнародования указа исчислялось пятнадцатью месяцами, то только потому, что ожидали доставки офицерами описей вотчин. Не ограничивалась ролью наблюдательницы и императрица. Ей приписывается речь, якобы произнесенная перед членами Синода и содержавшая массу упреков. «Существенная ваша обязанность, — поучала императрица синод ал ов, — состоит в управлении церквами, в совершении тайн, в проповедовании слова Божия, в защищении веры, в молитвах и воздержании». Далее следовали укоры в недобродетельной жизни: «Но отчего происходит, что вы равнодушно смотрите на бесчисленные богатства, которыми обладаете и которые дают вам способ жить в преизбыточестве благ земных, что совершенно противно вашему званию?» Еще резче оценивалась роль духовенства в другом вопросе: «Как можете вы, как дерзаете, не нарушая должности звания своего и не терзаясь в совести, обладать бесчисленными богатствами, иметь беспредельные владения, которые делают вас в могуществе равными царям?»

Указом 26 февраля 1764 года монастырские, архиерейские и церковные вотчины с населявшими их крестьянами общей численностью в 910 866 душ мужского пола передавались Коллегии экономии. Все повинности крестьян были переведены на денежный оброк в размере полтора рубля с мужской души. Общая сумма дохода, по расчетам Коллегии экономии, должна была составить 1366 тысяч рублей, из которых на содержание архиерейских домов отпускалось около 150 тысяч рублей, на мужские и женские монастыри — около 207 тысяч рублей, на содержание инвалидных домов — 115 тысяч рублей.