О чем бы ни говорили депутаты, яблоком раздора всегда были крестьяне, причем даже в том случае, когда их не называли в выступлениях. Крестьянский вопрос вызывал самые острые споры между дворянами и горожанами, с одной стороны, и крестьянами и дворянами — с другой.

Здравый смысл городских депутатов разбивался о сословные амбиции представителей дворянства, не опровергавших аргументов своих оппонентов, а упрямо повторявших мысль: владеть крепостными могут только дворяне и никто больше.

Главным при обсуждении крестьянского вопроса, по идее, должен был стать вопрос о крепостном праве, но его критика и защита проявились лишь при объяснении причин бегства крестьян. Обоянский депутат М. Глазов объяснял бегство крестьян их ленью и склонностью к воровству и грабежам: они бегут «в дальние и незнаемые города», чтобы избежать наказания. Большинство дворянских депутатов считали безосновательными жалобы крестьян на обязанность выполнять заводские работы, на обременительный размер подушной подати, дорожную и подводную повинности. Щербатов считал причиной побегов рекрутские наборы и низкое плодородие почвы в Нечерноземье: эти обстоятельства понуждают многих искать себе «способнейшего жилища».

Противоположное мнение высказал радетель крестьянских интересов Коробьин, считавший виновниками побегов крестьян, вынужденных бросать семью и хозяйство, «непомерные» оброки и произвол бар, готовых присваивать крестьянское имущество. Крестьяне, по его мнению, являются основой благополучия государства: «разоряя крестьян, разоряется и все прочее в государстве».

Коробьин выступал не за ликвидацию крепостного права, но за точно установленный размер владельческих повинностей. Это, однако, не помешало многим дворянам обрушиваться на Коробьина и доказывать отеческую заботу о своих крепостных. Еще один защитник интересов крестьян, казак Олейников, считал «предосудительным» для Уложенной комиссии и всей России, если будет узаконено право «продавать крестьян как скотину, да еще таких же христиан, как мы сами».

Уложенная комиссия вскрыла существенные противоречия и внутри дворянства — его аристократическая часть протестовала против порядка присвоения наследственного дворянства, предусмотренного Табелью о рангах: многие представители подлых сословий отныне добывали дворянское звание шпагой и пером, получая его вместе с первым офицерским чином или с восьмым рангом по гражданской службе. Депутат ржево-владимирского дворянства заявил: «Мое мнение, чтобы запретить пользоваться правом дворянства и покупать деревни тем, которые не из дворян достигнут службою штаб и офицерских чинов». Далеко не все дворянские депутаты одобряли эти предложения.

Голоса дворян громко раздавались в пользу создания уездных корпораций дворянства, предоставления им права собираться на съезды для обсуждения сословных нужд раз в два года, передачи власти в уездной администрации и суде выборным от дворян.

Уложенная комиссия заседала в Москве до декабря 1767 года, затем переехала в Петербург, где возобновила работу 16 февраля 1768 года. 18 декабря того же года маршал Бибиков объявил о закрытии Большого собрания на том основании, что начавшаяся в октябре война с Османской империей требовала присутствия депутатов либо на театре военных действий, либо в учреждениях, обслуживавших военные нужды. Историки давно установили, что военные действия потребовали привлечения только 4 % списочного состава депутатов. Депутаты распускались «доколе от нас паки созваны будут», но, закончив войну победным миром и подавив движение Пугачева, Екатерина так и не возобновила работу Большого собрания.

За Уложенной комиссией в историографии закрепилась недобрая репутация. Начало ее негативной оценке положили современники.