В Англии всё было тихо; вместо ожидавшегося конфликта между Елизаветой и шотландской королевой последовал обмен любезными письмами, к английскому двору в качестве шотландского посланника прибыл тот самый Мэйтленд Летингтон, которого Сесил в беседе со своей королевой называл змеем, а в ответ послом в Шотландию был направлен Рандольф. Оба захваченных корабля с личными вещами Марии Стюарт были возвращены в целости и сохранности, и Елизавета предложила ей встретиться в Йорке. Её письма были просто блестящими; исполненные достоинства и в то же время убедительные, они выражали искреннюю надежду на то, что две королевы смогут достичь договорённости, которая укрепит положение Марии на троне; Елизавета провозгласит её своей преемницей на тот случай, если умрёт бездетной, что должно снять единственную причину для вражды и подозрений между ними.

В Шотландии обстановка была куда менее спокойной. Граф Арран ворвался с шайкой вооружённых людей в часовню королевы во время мессы, и её сводному брату лорду Джеймсу со слугами пришлось обнажить шпаги и заставить их удалиться. Графа Босуэлла, преданного сторонника Марии, пришлось выслать из Эдинбурга, чтобы успокоить других лордов и лишить его возможности отомстить Аррану и другим за нанесённые оскорбления, развязав на улицах столицы кровавую межклановую резню.

К угрюмому лорду Джеймсу, снедаемому завистью к королевскому сану своей красавицы сестры, Марии Стюарт приходилось подлащиваться, чтобы успокоить его подозрения и побудить его к защите королевы; ярый ненавистник папистов епископ Джон Нокс, который провозглашал со своей кафедры о наступивших временах блудниц и Иезавелей, в ответ получал лишь вежливое приглашение явиться во дворец Холируд для дачи объяснений, хотя Мария мечтала о том, чтобы заточить его в темницу.

В эти первые месяцы в Шотландии вспыльчивая и неосторожная девица, которая во Франции была так невоздержанна на язык и столь уверенна в своей способности очаровать любого врага, проявила потрясающую выдержку перед лицом непрерывных вмешательств в её королевские прерогативы и личную жизнь. На заседаниях государственного совета она сидела тихо, вышивая и слушая, как её сводный брат лорд Джеймс и другие лорды принимают за неё решения. Оставшись одна, Мария часто плакала, но на публике она всегда была кроткой, умеренной и терпеливой, хотя и не казалась при этом слабой. Единственным её оружием было обаяние; несмотря на свою молодость и неопытность, она поняла это и пользовалась этим оружием с максимальной эффективностью. Для окружавших её загрубелых и жестоких людей она была чем-то необычным, и это так же было ей на руку. Они не понимали её, но природная проницательность не позволяла им вовсе её игнорировать. Постепенно она начала завоёвывать некоторых из них на свою сторону и сумела снискать восхищение народа. Хотя Нокс и реформаторы запугивали свою паству гонениями со стороны католиков, которым покровительствует идолопоклонница-королева, Мария сделала всё от неё зависящее, чтобы продемонстрировать свою терпимость к религии, которую она ненавидела и которая объявила её собственной вере войну не на жизнь, а на смерть. В Шотландии не сжигали еретиков, не принималось никаких законов, которые бы ограничили тираническую власть местной протестантской церкви и её пресвитеров, а о вторжении французских войск, которые бы научили еретиков-шотландцев почитать свою королеву, и речи не было. Хотя верой, акцентом и воспитанием Мария Стюарт отличалась от своих подданных, она ездила среди них верхом в костюме шотландской горянки, танцевала их танцы и ела их пищу; словом, старалась продемонстрировать, что в главном она такая же, как они. Несмотря на неодобрение Нокса и других, которые придирались ко всему, что бы она ни делала, постепенно при дворе Марии Стюарт стали воцаряться изысканность и просвещение.