К лету далеко идущие амбиции Дарнли стали очевидны всем, кроме Марии. Он так раздулся от самомнения, что начал оскорблять её лордов, причём особое наслаждение ему доставляло задирать того, кто был к этому особенно чувствителен — лорда Джеймса, чья неприязнь к сестре ещё больше усилилась при виде заносчивости и притворства её будущего мужа. Он фамильярничал с её неприступными фрейлинами, чтобы насладиться зрелищем того, как они смущаются за госпожу.

Порой королева видела, как он, залпом осушив стакан вина, разваливается в кресле, а на его раскрасневшемся лице появляется какое-то неприятное выражение. Однако она извиняла это его юностью — ведь ему всего девятнадцать и он, видимо, тоскует по родине, а если у него немного закружилась голова, то винить в этом она должна себя, а не Дарнли.

Как только она почувствовала, что ей чинят препятствия, гордость заставила её настаивать на браке с упрямством, которым так славились Стюарты. Она нашла человека, которого любит и в жилах которого течёт королевская кровь, родовитость и воспитание делают его вполне достойным её руки. Те, кто пытались отговорить её от брака или очернить Дарнли в её глазах, казались ей людьми, которые пытаются помешать её счастью.

Первым среди её друзей жертвой этих подозрений пал Летингтон. Он теперь горько каялся в том, что привлёк внимание королевы к Дарнли, и в отчаянии едва не рвал на себе волосы, когда ему стало ясно: Мария неспособна распознать свою ошибку и исправить её, пока ещё есть возможность.

Даже если бы кто-нибудь из приверженцев реформистской церкви и был готов согласиться с этим браком, то Дарнли сам оттолкнул их от себя, даже самых терпимых, всячески выставляя напоказ своё католичество и подстрекая королеву последовать своему примеру. Как писал Елизавете английский посол Рандольф, лорд Дарнли нажил себе столько врагов, что Мария, возможно, ещё будет вынуждена отказаться от своих намерений, и в этот самый момент Елизавета приказала Дарнли и лорду Леноксу вернуться в Англию под страхом своей немилости.

Как будто лишь сейчас разгадав замысел Марин, Елизавета написала ей личное письмо, рассчитанное на то, чтобы вызвать раздражение даже у самого кроткого адресата; в нём она требовала у шотландской королевы воздержаться от вступления в брак со своим подданным без её на то разрешения и сообщала, что граф Лестер готов незамедлительно отправиться в Шотландию и представиться ей. В ответ Мария Стюарт провозгласила Дарнли королём Шотландии и обвенчалась с ним в часовне Холируда 29 июля. Не прошло и полугода, как чувства негодования, тревоги и ревности, которые тлели в сердце лорда Джеймса и его сторонников-протестантов — могущественного герцога Арджилла, графа Ротса, лордов Гленкерна и Бойда и многих других, благодаря поведению Дарнли вылились в открытый мятеж. После того как они утратили всякое влияние при дворе королевы Марии, им ничего не оставалось, как свергнуть своего врага силой и принудить королеву дать им гарантии терпимости к их вере, которые всегда были условием того, что она царствовала, а они оказывали ей поддержку.

При дворе их больше не принимали; их советы игнорировались, а новый король грозился конфисковать их земли. А королева, которая так искусно ими управляла в те времена, когда у её сводного брата было меньше оснований жаловаться на притеснения, теперь в беседе с ним, изобиловавшей взаимными обвинениями и упрёками, дала себе волю. Она никогда не любила Муррея, а теперь, когда он и его друзья вмешивались в её дела и порицали её мужа, сочла себя достаточно сильной, чтобы продемонстрировать ему свою неприязнь открыто. Во многом её горячность объяснялась тем, что у её брака по страстной любви появились пугающие, даже отталкивающие стороны, и она не решалась признаться в этом даже самой себе.

Расставаясь с лордом Джеймсом, она повелела ему повиноваться себе как государыне, заявив, что в противном случае будет считать себя свободной от обязанности относиться к нему как к брату.