Безусловно, ведущая роль в создании советского атомного оружия по праву принадлежит советским ученым. Вместе с тем именно внешняя разведка органов госбезопасности привлекла внимание советского руководства к этой проблеме и своей информацией содействовала ускорению создания первой атомной бомбы в СССР. Ею было получено от Клауса Фукса и ряда других источников, многие из которых не раскрыты до сих пор, и передано советским ученым несколько тысяч листов секретной документальной информации по атомному проекту, которые были высоко оценены Курчатовым и его коллегами.

Как рассказывал ныне покойный академик Юлий Харитон в интервью одной из центральных газет, когда вручались правительственные награды участникам советского атомного проекта, Сталин, удовлетворенный тем, что американской монополии в этой области больше не существует, заметил: «Если бы мы опоздали на один-полтора года, то, наверное, испробовали бы этот заряд на себе».

К счастью, мы не опоздали.

Определенная роль в успешном решении вопросов по атомному проекту принадлежала Судоплатову и Эйтингону.

27 сентября 1945 года непосредственный начальник и товарищ Эйтингона Судоплатов, руководивший 4-м управлением НКГБ СССР, по совместительству был назначен начальником самостоятельного Отдела «С» НКГБ — НКВД СССР, отвечавшего за координацию обеспечения разведывательными материалами по проблеме № 1 (создание атомного оружия) руководителей и ведущих ученых советского ядерного проекта. Эйтингон, являясь заместителем начальника 4-го управления, также по совместительству становится заместителем Судоплатова в его новой должности и активно включается в работу по новой для него проблеме.

Еще в феврале 1945 года советской разведкой была получена информация о наличии запасов высококачественного урана в районе города Бухово в Родопских горах в Болгарии, находившейся под контролем Красной армии. Кстати, руда из Бухова была использована при пуске первого советского атомного реактора. Советским руководством было принято решение обеспечить охрану этого района войсками НКВД. Работа на болгарских урановых рудниках велась с соблюдением необходимых мер секретности. Но вскоре информация о данном районе стала известна американским спецслужбам. Американская разведка начала принимать активные контрмеры, засылая в район болгарских урановых рудников свою агентуру и готовя диверсионные акты, чтобы сорвать поставки урановой руды в Советский Союз. Руководство советской внешней разведки направило Наума Эйтингона в Болгарию с целью сорвать диверсионные планы наших недавних союзников по антигитлеровской коалиции.

Однако к тому времени в СССР были найдены более крупные и более высококачественные месторождения урановой руды. Чтобы скрыть от американских спецслужб этот факт и создать у них впечатление, что Советскому Союзу крайне необходим болгарский уран, Эйтингон провел в Болгарии ряд масштабных дезинформационных мероприятий. Благодаря успешной работе Эйтингона и его сотрудников удавалось долгое время вводить американцев в заблуждение. Эти действия также отвлекли силы и средства разведки США от советского ядерного проекта.

В октябре 1946 года приказом МГБ СССР 4-е управление, которым руководили Судоплатов и Эйтингон, было упразднено. Однако еще до его расформирования в мае того же года в системе МГБ был создан самостоятельный Отдел «ДР» (подготовка к развертыванию в случае войны разведывательно-диверсионной работы против военно-стратегических баз США и их союзников, расположенных вокруг СССР), начальником которого был назначен генерал-лейтенант Судоплатов. В феврале 1947 года генерал-майор Эйтингон, вернувшийся в Москву из командировки, был назначен заместителем Судоплатова. Главной задачей Отдела «ДР» являлась организация специальной агентурно-разведывательной работы за рубежом и внутри страны.

Одновременно с этим Эйтингон продолжал активно заниматься и чисто разведывательной работой.