Практически почти все крупнейшие княжеские фамилии Русского государства (разве что кроме Оболенских, тесно связанных с уделами) оказались в родственных связях с великокняжеским семейством.

Было и еще одно средство добиться покорности потомков когда-то независимых княжат — государева опала во всех ее проявлениях, начиная от простой немилости (удаление от двора, неназначение на придворные и военно-административные должности) и кончая заточением или даже казнью (что случалось редко).

Так, в 1463 г. «очи выняли» выдающемуся полководцу боярину Федору Басенку. В 1478 г. опала постигла боярина князя И. В. Стригу Оболенского. В начале 80-х годов были распущены дворы И. Б. и В. Б. Тучко Морозовых и других бояр. В 1485 г. оба брата Морозовых были «поиманы». В 1497 г. состоялась казнь В. Е. Гусева и других сторонников княжича Василия. Через два года казнили влиятельнейшего боярина кн. С. И. Ряполовского, а князей И. Ю. и В. И. Патрикеевых постригли в монахи. В 1508 г. был «поиман» свояк великого князя кн. В. Д. Холмский, а в 1514 г. — кн. М. Л. Глинский (вторично угодил в заточение он уже в 1534 г.). В 1525 г. казнен И. Н. Берсень Беклемишев. Затем опала постигла М. А. Плещеева и ряд других видных деятелей, прощенных только в 1530 г. В начале 30-х годов в заточение брошены кн. И. М. и А. М. Шуйские, а в 1538 г. — временщик кн. И. Ф. Телепнев-Оболенский.

Великокняжеская власть придавала большое значение крестоцеловальным записям «в верности престолу», которые должны были давать внушавшие опасения те или иные представители влиятельной части феодальной знати. Так, в 1474 г. подобную запись дал кн. Д. Д. Холмский, в 1522 г. — кн. В. В. Шуйский, в 1524 г. — князья И. Ф. и Д. Ф. Бельские, в 1527 г. — кн. М. Л. Глинский, в 1528 г. — князья И. М. и А. М. Шуйские, в 1530 г. — М. А. Плещеев.

Боярская дума во второй половине XV—первой трети XVI в. наряду с великокняжеской властью являлась высшим государственным органом, осуществлявшим законодательные, судебные и военно-административные функции. Уже в заголовке основного законодательного кодекса того времени — Судебника 1497 г. говорилось, что его «уложил князь великий. . . с детми своими и с бояры о суде, как судити бояром и околничим»  Итак, бояре, несомненно, участвовали в составлении первого законодательного свода единого Русского государства. Л. В. Черепнин предположил, что среди них были князья И. Ю. и В. И. Патрикеевы. Все решающие мероприятия проводились только после совещания великого князя с Думой. Так, в частности, было в 1523 г., когда встал вопрос о разводе Василия III с Соломонией («начаша думати со своими бояры»). В 1525 г. на соборе, осудившем Максима Грека, присутствовали многие бояре («многим же бояром»). Боярин М. Ю. Захарьин и дьяки участвовали в соборных заседаниях по делу Вассиана Патрикеева 1531 г. Так было и во время предсмертной болезни великого князя 1533 г., когда решался вопрос о составе правительства при малолетнем Иване Васильевиче («нача князь великы думати с бояры. . . нача же князь велики думати с теми же бояры»).

Велико было значение бояр в судебной практике Русского государства. Бояре были судьями «низшей инстанции». Они же входили в состав судей высшей инстанции, выносивших окончательное решение по спорному делу. Участвовали они и в решении военных дел.