23 марта Дрейк прибыл в Плимут, где развернул бурную деятельность по завершению снаряжения кораблей экспедиции. Спустя неделю большая часть флота была готова к выходу в море. Помимо моряков на борту судов разместились десять рот солдат под командованием капитана Энтони Платта, назначенного генерал-лейтенантом. Его заместителем в ранге сержант-майора был утвержден капитан Джон Марчент. Кроме них отдельными ротами командовали капитаны Кросс, Паркер, Томас и Эдвард Феннеры, Пул, Спиндлоу, Сайденхэм и Мэнингтон. При каждом капитане имелись лейтенант, прапорщик, два сержанта и четыре капрала. Обязанности капеллана должен был исполнять Филипп Николс.

В субботу 1 апреля к плимутской эскадре присоединились задержавшиеся в пути суда из Лондона, а воскресным утром следующего дня весь флот снялся наконец с якоря и отсалютовал береговым укреплениям. В тот же день адмирал писал своему другу и покровителю Уолсингему:

«Высокопочтенный, прошедшей ночью к нам пришел „Ройял мерчент“ с четырьмя другими судами из лондонской флотилии; [встречный] ветер не позволил им прийти быстрее. Мы заключили с ними соглашение касательно взаимоотношений между нами… Я благодарен Господу за то, что мы все, как один, готовы постоять за нашу милостивую королеву и страну против Антихриста и его помощников.

Благодарю Господа за таких джентльменов на командных постах, как капитан Бороу, капитан Феннер и капитан Биллингем, исполняющих вместе со мной данное поручение, коих я нашел благоразумными, честными и весьма способными людьми…

Уверяю Вашу честь, что здесь имеется немало толковых людей, привлеченных для участия в указанном деле, но за последние два дня различные лица ухитрились сбежать от нас… В основном это были моряки. На их место мы взяли солдат. Я написал судьям относительно тех, кто дезертировал в пределах наших графств, дабы они отправили их в тюрьму и наказали в соответствии с решениями тех судей, которые находятся при нас. По данному поводу я более подробно написал лорд-адмиралу, ибо если вообще не прибегнуть к наказанию по столь значимому факту в столь грозное [для страны] время, это может нанести непоправимый вред службе Ее Величества.

Я уверяю Вашу честь, что мы не теряли здесь времени даром и, дай Бог, не потеряем его в любом ином месте. За свой счет я обеспечил снабжение [кораблей] провизией… и увеличил, насколько мог, ее количество…

Умоляю Вашу честь держаться хорошего мнения не только обо мне, но и обо всех тех, кто задействован в указанном деле…

Ветер командует мне — ступай! Наш корабль уже под парусами. Дай Бог, чтобы мы, страшась Его, жили так, дабы наши враги могли сказать, что сам Господь сражается на стороне Ее Величества как за границей, так и на родине, а также дарует ей долгую и счастливую жизнь и неизменную победу над врагами…

Скорее вперед! С борта Ее Величества доброго корабля „Элизабет Бонавенчур“ 2 апреля 1587 года.

Тот, кто желает всегда оставаться под Вашим руководством и никогда не прекращает молить Господа о Вас и всех Ваших близких,

В последний момент Елизавету все же охватили сомнения, и она решила ограничить круг переданных Дрейку полномочий. В новых инструкциях адмиралу, составленных в Тайном совете 9 апреля, ему запрещалось насильственно вторгаться в испанские гавани, захватывать стоявшие там суда, высаживать десанты на испанских берегах и нападать на испанские города; он мог лишь захватывать в открытом море те суда, которые шли из Испании «в Восточные или Западные Индии или возвращавшиеся из названных Индий в Испанию». Таким образом, основная задача экспедиции сводилась лишь к охоте за ост — и вест-индскими флотилиями.

Королевский курьер, которому поручили передать адмиралу новые инструкции, был, по слухам, побочным сыном Джона Хокинса.