На рассвете 20 апреля галеон «Элизабет Бонавенчур» снялся с якоря и, к немалому изумлению Бороу, направился к стоявшим на входе во внутреннюю гавань кораблям лондонской эскадры. В самой внутренней гавани в это время находился великолепный флагманский галеон адмирала Альваро де Басана, первого маркиза де Санта-Крус; сей корабль, по разным данным, имел грузоподъемность от 800 до 1500 тонн. Его-то Дрейк и выбрал в качестве главного объекта нападения. Игнорируя присутствие в гавани Пуэрто-Реаль двух галер, сэр Фрэнсис лично возглавил небольшую флотилию в составе «Мерчент ройял», нескольких пинасов и шлюпок и приступил к реализации задуманного плана.

Тем временем вице-адмирал Бороу, совершенно сбитый с толку, занялся поисками пропавшего адмирала. Не обнаружив его на борту флагмана, он отправился в сторону «Мерчент ройял» и пинасов, легко овладевших к тому времени галеоном маркиза де Санта-Крус. Однако Дрейка на борту «Мерчент ройял» тоже не оказалось. В конце концов Бороу отыскал его на «Элизабет Бонавенчур», куда адмирал успел вернуться после захвата корабля маркиза. Позже Дрейк утверждал, что его вице-адмирал «дрожал как осиновый лист», напуганный близостью испанцев. Бороу отрицал обвинения в трусости, уверяя, что хотел лишь посоветоваться с адмиралом относительно снабжения королевских кораблей провиантом с захваченных призов. Когда Бороу удалился, намереваясь вернуться на свой корабль, Дрейк заметил, как шлюпки начали буксировать «Голден лайон» к выходу из гавани. Оправдываясь, Бороу на суде в Англии заявил, что испанцы установили на берегу напротив его корабля пушку и что ядро, выпущенное из нее, пробило корпус судна в районе ватерлинии и оторвало ногу старшему канониру. Чтобы выйти из-под обстрела, шкипер корабля велел верповать его к выходу из гавани еще до того, как вице-адмирал вернулся на борт.

Когда испанцы увидели, что «Голден лайон» удаляется от остальных кораблей английского флота, они отправили на его перехват свои галеры. Данное обстоятельство не ускользнуло от внимания Дрейка. По его приказу «Рейнбоу», «Эдвард Бонавенчур» и пять других приватных судов вместе с пинасом адмирала бросились на выручку вице-адмиралу. «Голден лайон» продолжал идти вперед — по словам Бороу, «чтобы напасть на галеры», по мнению Дрейка — чтобы уйти подальше от батарей, установленных на входе в гавань. Предположение адмирала выглядит более убедительно, поскольку, едва английские корабли отбили атаку галер, Бороу не пожелал вернуться назад, а стал на якорь возле входа в гавань, к западу от Санта-Марии. При этом он удержал при себе остальные суда, помогавшие ему отразить нападение испанцев. Поясняя свои действия, вице-адмирал утверждал, что хотел обеспечить прикрытие флота со стороны открытого моря и не дать испанским галерам в очередной раз атаковать англичан.

«Мы оставались здесь до 21-го, — писал Дрейк Уолсингему, — и за это время потопили бискайский корабль в 1200 тонн, сожгли корабль маркиза де Санта-Крус в 1500 тонн и еще 31 корабль в 1000, 800, 600, 400 и до 200 тонн, увели с собой четыре, нагруженных провизией, и ушли оттуда по своему желанию, с честью, как того и хотели, несмотря на то, что во время нашего присутствия там нас часто атаковали двенадцать королевских галер, из коих мы две потопили, а прочие отбили. Нас постоянно яростно обстреливали с берега, но, слава Богу, к малому ущербу для нас».

Испанские отчеты говорят о потере двадцати четырех судов, оцениваемых вместе с их грузами в 172 тысячи дукатов. Общую стоимость потерь испанских купцов, судовладельцев и короны подсчитать довольно сложно. Некто Грегорио Гомиш, сообщая об ущербе, причиненном англичанами испанцам, писал из Лиссабона своему другу Доминго Мартинису: «Говорят, они нанесли ущерб королю более чем на 500 тысяч дукатов, включая четыре тысячи бочек вина, 20 тысяч кинталей галет, 30 тысяч фанег пшеницы и иной провизии, каковую они сожгли и уничтожили».