Армада делилась на эскадры, сформированные по территориальному принципу. Первой в списке значилась португальская эскадра, состоявшая из десяти королевских галеонов и двух сабр. Кастильская эскадра насчитывала десять галеонов «индийской» сторожевой флотилии, четыре корабля флота Новой Испании и два пинаса. Эти две эскадры, входившие в единый «галеонный дивизион», находились под командованием герцога Медина-Сидония и начальника его штаба дона Диего Флореса де Вальдеса. Дон Диего шел на галеоне «Сан-Мартин» — флагманском корабле герцога. Филипп II рекомендовал адмиралу прислушиваться к советам его флаг-капитана во всем, что касалось искусства навигации.

Упомянутые галеоны вместе с четырьмя неаполитанскими галеасами дона Уго де Монкада и четырьмя лиссабонскими галерами дона Диего Медрано составляли боевой костяк армады. Далее следовали 40 вооруженных «купцов», организованных в четыре эскадры: бискайскую под командованием старого рыцаря ордена Сантьяго дона Хуана Мартинеса де Рекальде; андалусскую под командованием рыцаря того же ордена дона Педро де Вальдеса (двоюродного брата и злейшего врага Диего Флореса де Вальдеса); эскадру Гипускоа под командованием «бесстрашного воителя, славного героя» дона Мигеля де Окендо; левантийскую под командованием дона Мартина де Бертендоны. Кроме того, в армаду входили эскадра из двух десятков пинасов под началом дона Антонио Уртадо де Мендосы (он держал свой флаг на судне «Нуэстра Сеньора дель Пилар де Сарагоса») и вспомогательный дивизион в составе двух дюжин транспортных хульков под командованием Хуана Гомеса де Медины. Во главе сухопутных частей стояли Диего де Пиментель и фаворит короля дон Алонсо Мартинес де Лейва (он должен был плыть на генуэзском галеоне «Рата Санта-Мария Энкоронада» вместе с шестьюдесятью сыновьями и племянниками знатнейших грандов Испании).

Вернемся, однако, в Англию. 24 мая лорд-адмирал собрал своих командиров на военный совет. В его состав вошли семь человек: сэр Фрэнсис Дрейк, председатель совета, вице-адмирал; лорд Томас Хоуард, родной брат адмирала; лорд Шеффилд; сэр Роджер Уильямс; Джон Хокинс, контр-адмирал; Мартин Фробишер; Томас Феннер. Обсуждался вопрос, что лучше предпринять: выйти в открытое море и встретить неприятеля до того, как он достигнет английских берегов, или позволить армаде войти в территориальные воды туманного Альбиона. Кто-то предложил ничего не предпринимать до тех пор, пока в Плимут не вернется пинас капитана Полвела, высланный Дрейком на разведку к берегам Испании. Дебаты длились до вечера и продолжились на следующий день. В конце концов, как свидетельствует Убальдини, возобладала точка зрения Дрейка, предлагавшего как можно быстрее отплыть в испанские воды.

26 мая английский флот готов был сняться с якоря, но этому препятствовали два обстоятельства: во-первых, сильный встречный ветер, а во-вторых, недостаток провианта на королевских кораблях. Хотя десять судов с продовольствием должны были прибыть в Плимут в течение недели после прибытия туда эскадры Хоуарда, в действительности их выход в море задержался по крайней мере еще на две недели. Отцы-командиры были в отчаянии. Лорд-адмирал писал, что запасов провизии у него осталось менее чем на три недели.

В конце месяца погода стала налаживаться, западные ветры сменились попутными. Данное обстоятельство позволило лорду Хоуарду 30 мая вывести флот в море. Однако вскоре ветер снова посвежел и стал менять направления. Он задул с юга, потом с юго-запада. Семь дней английские корабли боролись со штормом, пока ветер не подул с востока. 6 июня, опасаясь очутиться в подветренной стороне от Плимута, Хоуард приказал флоту возвращаться в Плимутскую гавань.

Неожиданно в море было замечено торговое судно. Его шкипер и матросы сообщили, что 14 мая видели большой флот, который пытался выйти из гавани Лиссабона. Испанских кораблей было так много, что «они не смогли пересчитать их».