Общая численность команд доходила до 164 человек. Среди них, помимо моряков и солдат, находилась дюжина молодых и образованных джентльменов из знатных семей: Томас Даути (один из секретарей сэра Кристофера Хэттона, командовавший солдатами), его брат Джон Даути, Роберт Уинтери, Лоренс Элиот, Джордж Фортескью, Джон Честер, Грегори Кэри, Грегори Реймонд, Эманюэл Уоткинс, Леонард Вайкери, Джон Кук, Чарлз Коби и Томас Худ, капеллан Фрэнсис Флетчер, а также сапожник, портной, кузнец, плотник, бочар, хирург-цирюльник, аптекарь, несколько музыкантов и слуг. Четырнадцатилетний Джон Дрейк, кузен генерал-капитана, служил при нем пажом, а одним из слуг был марун Диего. Кроме того, в составе экипажа числился родной брат Фрэнсиса Дрейка Томас и родственник Джона Хокинса — Уильям Хокинс.

На суда взяли полуторагодичный запас продовольствия (галеты, муку, горох, засоленную говядину и свинину, треску, масло, сыр, пиво и иные продукты), товары, предназначенные для меновой торговли с туземцами, инструменты, четыре разобранных на части пинаса, много холодного и огнестрельного оружия и боеприпасов. Спустя десять лет, во время допроса, проведенного трибуналом инквизиции в Лиме, Джон Дрейк признался, что корабли флотилии «имели на борту все виды оружия и четыре или пять видов зажигательных снарядов, таких как бомбы, которые бросают рукой, снабженные острыми шипами, благодаря чему они способны легко вонзаться в поражаемый объект; огненные стрелы для поджигания парусов и кораблей, а также иные зажигательные приспособления… Некоторые из них были изготовлены в Англии перед тем, как они отплыли; другие были изготовлены пушкарями на борту. Оружие, которое они использовали, состояло в основном из аркебуз».

Некоторые испанцы, побывавшие в плену у Дрейка, позже утверждали, что на его судне было также много пистолетов и пик. Шкипер Сан Хуан де Антон заявил под присягой, что Дрейк вез с собой много всевозможного оружия, «такого как зажигательные бомбы и дротики с хитроумным приспособлением для поджога парусов кораблей; связанные цепью ядра для разбивания стеньг и других смертоносных дел; тали и такелаж, и много аркебуз, нагрудников, карманных пистолетов, конской сбруи, пик и огромное количество различных иных видов ручного оружия».

Флагманский корабль экспедиции был построен в 1560 году по французскому образцу в венецианских доках. Он имел двойную обшивку (однако не был покрыт свинцовыми листами), две палубы и три мачты: фок — и грот-мачты несли прямое парусное вооружение, а на короткой бизань-мачте подвешивался латинский парус. На блинда-рее, под бушпритом, ставился еще один парус — блинд. Штурвал в ту эпоху еще не вошел в употребление — для управления рулем традиционно использовался румпель.

Данные о размерах «Пеликана», приводимые в различных источниках, существенно расходятся. Согласно одним расчетам, длина его составляла 85,3 фута, ширина по палубе — 14,1 фута, осадка — 9,18 фута. По другим данным, общая длина судна составляла 120 футов, длина корпуса — 102 фута, а длина по ватерлинии — 75 футов; ширина равнялась 22 футам, глубина — 13,5 фута. Максимальная скорость, очевидно, не превышала восьми узлов. Экипаж насчитывал от 80 до 85 человек.

Помимо восемнадцати орудий, о которых упоминают Джон Дрейк и капеллан Флетчер, «Пеликан» мог нести несколько вертлюжных пушек.