Помимо восемнадцати орудий, о которых упоминают Джон Дрейк и капеллан Флетчер, «Пеликан» мог нести несколько вертлюжных пушек. Португальский пилот Нуньо да Силва, захваченный в плен во время плавания, позже рассказывал, что галеон Дрейка имел по семь пушечных портов с каждого борта; кроме того, еще две пушки были установлены на корме и две — в носовой части. По словам да Силвы, 13 пушек были сделаны из бронзы, а остальные пять — из железа. Другой свидетель, Кустодио Родригес, тоже упоминал о восемнадцати пушках, но полагал, что лишь четыре из них были бронзовыми, остальные — железными.

Фламандец Николас Йорис, угодивший в плен к Дрейку у берегов Перу, сообщал, что «на корабле капитана Фрэнсиса имелось по пять орудий с каждого борта, два — на корме и еще два — на носу, то есть всего четырнадцать единиц. Для сражений они имели много видов холодного и огнестрельного оружия и были хорошо снабжены ручным оружием, таким как пистоли, аркебузы, стрелы и хитроумное устройство для поджога парусов». Другой пленник, Франсиско Хакоме, насчитал на борту «Пеликана» по четыре пушки с каждого борта, две пушки — на корме и две — на носу. Кроме того, еще две пушки Дрейк держал под палубой.

По свидетельству Сан Хуана де Антона, флагман англичан «нес по семь железных пушек на каждой стороне нижней палубы и две большие железные пушки на корме возле румпеля». Кроме того, «на верхней палубе он нес шесть тяжелых пушек, из коих две были бронзовые, и свидетель узнал у капитана [Дрейка], что еще больше артиллерии он перевозил внутри своего корабля».

Пленный писарь Доминго де Лисарса заявил, что во время захвата галеона «Какафуэго» корабль Дрейка «нес двенадцать тяжелых железных пушек, по пять с каждой стороны и две — на корме». Кроме этого, он видел, как англичане «вытащили из-под палубы четыре другие пушки, две из которых были бронзовыми», и узнал, что «еще две бронзовые пушки везли в качестве балласта».

«Пеликан» хорошо шел при легком попутном ветре, но терял ход на высокой волне. Кроме того, при сильном ветре и при галсировании в трюм активно просачивалась вода, которую приходилось откачивать с помощью помп.

Каюта генерал-капитана имела богатое убранство; вся посуда, предназначавшаяся для его стола, и часть кухонной утвари были изготовлены из чистого серебра; во время приема пищи слух Дрейка должны были услаждать четверо музыкантов. Вся эта показная роскошь предназначалась для того, чтобы продемонстрировать славу и богатство Англии и произвести впечатление на иностранных гостей, которые могли оказаться на борту судна в ходе экспедиции.

Всю ночь на 16 ноября корабли держали курс на зюйд-вест и утром оказались в районе мыса Лизард. Здесь неожиданно подул сильный встречный ветер, заставивший флотилию укрыться в гавани Фалмута.

В тенденциозной компиляции «Экспедиция вокруг света» («The World Encompassed»), составленной племянником и тезкой Дрейка на основе отредактированных дневников Фрэнсиса Флетчера и Джона Кука, читаем: «На другой день, ближе к вечеру, поднялся шторм, свирепствовавший всю ночь и следующий день (особенно между 10 часами утра и 5 часами пополудни) столь неистово, что, хотя это была очень хорошая гавань, все же 2 наших корабля, а именно адмиральский (на котором шел наш генерал) и „Мэриголд“, были вынуждены срубить свои грот-мачты, и для ремонта их, а также многих иных повреждений, причиненных этой бурей (как только погода позволила это), мы поворотили назад в Плимут, куда и прибыли в полном составе на 13-й день после нашего первого ухода оттуда».

Эту информацию подтверждает также капитан «Элизабет» Джон Уинтер, составивший позже отчет о начальном этапе экспедиции под названием «Плавание мистера Уинтера с мистером Дрейком к Магелланову проливу».