Не следует думать, что даже в борьбе против эпидемии М.С. Воронцову были предоставлены права самостоятельно действовать. Так, в 1829 г. из-за проволочек правительства в принятии защитных мер против эпидемии чума вспыхнула в Бессарабском крае.

Кроме того, многое зависело и от действий глав местных администраций. В 1837 г. причиной проникновения в регион эпидемии чумы стало, по отзывам современников, следующее обстоятельство: «Чума в город была пропущена из карантина, вследствие внутренних беспорядков, там водворившихся, и контрабанды, оттуда легко пропускаемой чиновниками, а более солдатами карантинной же стражи». На предупреждение медиков, что в карантинной зоне появились признаки заболевания, градоначальник Одессы А.И. Левшин ответил, что «вы только и думаете, как бы стеснить торговлю».

Через некоторое время чума проникает в город, но градоначальник (по мнению Н.Н. Мурзакевича) совершает ряд действий, не способствовавших защите от эпидемии, а именно: высылает из города несколько чумацких подвод, привозивших в Одессу пшеницу из разных губерний; известие о чуме отправляют Воронцову в Ялту на пароходе, который содержался не на карантинном положении; приказывают народу освободить Покровскую церковь во время отпевания, что вызывает протест прихожан; отсылает пакет в Санкт-Петербург на имя Императора, не подвергнув послание специальной обработке, т. е. окуриванию. Таким образом, возникла угроза проникновения страшной болезни далеко за пределы региона. Однако, как свидетельствуют современники, один лишь приезд М.С. Воронцова в город успокоил жителей. Авторитет генерал-губернатора и доверие к нему были столь велики, что, по словам очевидцев, одного слова М.С. Воронцова было достаточно, чтобы толпы народа, подстрекаемые к возмущению против карантинных мер, расходились.

При этом особый пример сохранять спокойствие в любой ситуации показал сам М.С. Воронцов. Личный пример и то обстоятельство, что его друзья занимали в этот период в Санкт-Петербурге важные государственные посты, а также твердость и настойчивость позволили М.С. Воронцову не дать распространиться в 1829 г. эпидемии чумы на территории империи, принять необходимые меры к ее уничтожению в Новороссийском крае и Бессарабской области.

Но постоянная угроза возникновения эпидемических заболеваний в крае требовала принятия серьезных мер для защиты региона, а следовательно, и империи. В донесении на имя Императора М.С. Воронцов подчеркивал, что устройство карантинных линий для защиты империи от чумы — одна из важнейших обязанностей властей Новороссийского края и Бессарабии. Особая опасность исходила с берегов Прута и Дуная, и устройство на них карантинов требовало особых усилий. В этом деле М.С. Воронцов отмечает помощь Бессарабского военного губернатора, генерал-майора Федорова. «Его попечением обе линии сии доведены до возможного устройства, и, несмотря на существование чумной заразы в Турции, мы, благодаря Бога, избавлены от оной». Далее М.С. Воронцов указывает на то, что хотя карантины Одессы и Керчи не уступают европейским, но другие карантины, особенно в Бессарабии, требуют дальнейшего усовершенствования. М.С. Воронцов представил министерству проекты и планы карантинов, причем постройки должны были производиться местными способами, что потребовало значительно меньших затрат. М.С. Воронцов обращался с просьбой к Императору утвердить этот проект, как только он поступит на его рассмотрение, так как если понадобятся значительные капиталы на создание карантинных сооружений, то казна не сможет выдать карантинные средства быстро, а это задержит постройку на неопределенное время. Карантины очередной раз подтвердили свое назначение, не дав в 1836-м и 1837 гг. распространиться по всей стране эпидемии из Одессы, Измаила, Керчи и Феодосии, куда она была завезена на купеческих судах.