Новым вице-губернатором Ямайки еще 23 сентября (3 октября) 1670 года был назначен протеже графа Карлайла полковник Томас Линч (в декабре он был торжественно возведен в рыцари и стал сэром Томасом Линчем). Петиция Совета Ямайки, купцов и плантаторов о продлении полномочий Модифорда была проигнорирована. В начале января 1671 года король подписал инструкции Линчу, к которым прилагались королевский указ о его назначении и документ, отменяющий губернаторские полномочия Модифорда. Однако из-за бюрократических проволочек новый вице-губернатор смог получить все необходимые документы лишь в конце зимы, в Вест-Индию отплыл в апреле, а в Порт-Ройял прибыл с двумя военными кораблями — «Эсистенс» и «Уэлкам» — 25 июня (5 августа).

На причале измученных долгим переездом Линча и его семью приветствовали Модифорд и Морган. Затем новый правитель Ямайки был приглашен на официальный обед в дом Модифорда, где присутствующим зачитали королевскую прокламацию об отставке прежнего губернатора. В письме лорду Арлингтону вице-губернатор заметил: «Люди были не очень довольны».

28 июня (8 августа) в Сантьяго-де-ла-Веге (Спаниш-Тауне) состоялось заседание Совета Ямайки, на котором было решено «немедленно объявить, что все, сделанное в рамках закона, изданного от имени сэра Томаса Модифорда, остается в силе до следующего верховного суда и что все мировые судьи должны продолжать исполнять свои обязанности в силу их поручений от сэра Томаса Модифорда, пока новые поручения не будут выданы».

В приватной инструкции король предписывал Линчу, что, «как только он возьмет под свой контроль управление и форт [форт Чарлз], во избежание каких-либо осложнений… ему необходимо арестовать сэра Томаса Модифорда и отправить домой под усиленной охраной, поскольку вопреки ясным распоряжениям короля он совершил многие преступные и враждебные акции против подданных доброго брата Его Величества — Католического Короля».

В вину Модифорду могли поставить не только поощрение антииспанских экспедиций в те годы, когда на официальном уровне в англо-испанских отношениях наметилось потепление, но и утаивание от короны значительной части доходов от каперства. Отчеты самого губернатора о доходах и расходах Ямайки с 4 (14) июня 1664 года по 25 июня (5 июля) 1671 года, включая отчет о «пятнадцати процентах с призов в пользу Его Величества», показывают ничтожно малые поступления от захваченной флибустьерами добычи. Специальный отчет о призах охватывал период с 20 (30) августа 1665 года по 17 (27) ноября 1667 года. В нем доля короля была оценена в 858 фунтов стерлингов 18 шиллингов и 3 пенса, что явно мало, учитывая активность флибустьеров в указанное время. Бухгалтер Модифорда Кэри Хиляр показал под присягой, что «отчет о пятнадцати процентах точно соответствует записям адмиралтейского суда», но это лишь усилило недоверие правительства как к отчетам, славшимся с острова, так и к деятельности адмиралтейского суда Ямайки. Еще более удивительным было утверждение Хиляра о полном отсутствии доходов от призов за период с 1668 по 1671 год, когда Морган совершил свои самые масштабные походы.

Модифорд и Морган догадывались, что их могут взять под стражу в любой момент, но оба держались молодцами, не проявляя и тени страха. Более того, Модифорд в течение следующих шести недель оказывал Линчу всяческую помощь в управлении делами колонии, а когда новый глава ямайской администрации заболел подагрой, великодушно предоставил ему жилье в собственном доме.

В мае 1671 года Чарлз Модифорд, сын опального губернатора, был арестован в Лондоне и заточен в королевскую тюрьму Тауэр в качестве «дополнительной гарантии» доставки его отца в Англию. В начале августа, когда эта новость достигла Ямайки, Линч понял, что настало время исполнить приказ его величества.