С переездом Ставки в Могилёв город был превращен в укрепленный лагерь. Императорскую Ставку обороняли отдельный авиационный отряд, отдельная артиллерийская батарея, батарея воздушной артиллерийской обороны и другие конные и пешие отдельные воинские подразделения. 1 февраля 1916 года был сформирован Батальон охраны Ставки Верховного главнокомандующего, 8 июня 1916 года переименованный в Георгиевский батальон для охраны Ставки. Все офицеры этого батальона были награждены орденами Святого Георгия, а унтер-офицеры и рядовые — георгиевскими крестами и медалями.

Рабочий день в Ставке был единообразным. Вставал Алексеев ежедневно в 8 часов утра. Уже через час все донесения, поступившие с фронта за ночь, наносились сотрудниками на карты, и генерал-квартирмейстер докладывал Алексееву обстановку. К 11.00 в кабинет Алексеева приходил император и заслушивал оперативный доклад начальника штаба. В первый раз Верховного вздумали было сопровождать министр императорского двора и уделов граф В.Б. Фредерике и дворцовый комендант В.Н. Воейков, но Алексеев захлопнул дверь перед самым их носом, и впредь на докладе, кроме императора и начальника штаба, присутствовали только генерал-квартирмейстер М.С. Пустовойтенко и иногда дежурный штаб-офицер Генерального штаба.

Во время доклада Николай II сидел, Алексеев и Пустовойтенко стояли. Если требовалось разобраться в обстановке более предметно, Алексеев зачитывал текст оперативной сводки императору, а Пустовойтенко обозначал на карте местность и воинские соединения, о которых шла речь. Во время совещания в кабинете висел густой табачный чад — император курил одну сигарету за другой.

Работа в таком режиме продолжалась около часа. Затем Алексеев глазами показывал Пустовойтенко на дверь. Вторая часть доклада продолжалась примерно до половины первого и посвящалась новым приказам по армии, которые составлялись Алексеевым и подавались на утверждение Верховному.

Если император отсутствовал в Ставке, что случалось нередко, Михаил Васильевич ежедневно посылал ему отпечатанный на машинке доклад на больших листах специальной «царской бумаги». Доклад состоял из сводки данных истекшего дня и административной части.

В половине второго дня Алексеев отправлялся завтракать. Сначала его ежедневно приглашали к царскому столу, но этот официальный завтрак длился обычно долго, и Михаил Васильевич, ссылаясь на занятость, упросил императора разрешить ему выходить к высочайшему завтраку только два раза в неделю — по вторникам и воскресеньям. Николай II согласился, но место справа от него за столом всегда пустовало на случай, если Алексеев решит присоединиться к трапезе. После короткого завтрака в компании генералов и офицеров Ставки Михаил Васильевич отправлялся на прогулку с Пустовойтенко, а к 16 часам снова возвращался к работе — принимал многочисленных посетителей. М.К. Лемке так описывал типичный день начальника штаба Верховного: «Вчера у Алексеева был очень долго, больше часу, майор французской службы Ланглуа, привезший пакет от Жоффра; после него был начальник штаба Корпуса жандармов Владимир Павлович Никольский; потом Алексеев имел продолжительный разговор по прямому проводу из своего кабинета с Эвертом; позже был заведующий беженцами сенатор Зубчанинов. Прибавьте к этому еще человек двадцать генералов, офицеров и чиновников разного ранга — и вы получите самый обыкновенный день человека, который должен всех принять, со всеми побеседовать, всем дать определенные ответы на их часто весьма неопределенные вопросы и вести все дело самого управления армией».