Конечно, было бы неверно утверждать, что Алексееву на должности начальника штаба Ставки не были присущи определенные недостатки, которые зачастую весьма ощутимо влияли на общую структуру управления действующей армией. Все знавшие генерала мемуаристы в один голос говорят примерно об одном и том же — Михаил Васильевич принадлежал к тому типу руководителей-перфекционистов, которые следуют правилу «Хочешь сделать хорошо — сделай сам». Утверждение «Перед хорошим начальником — чистый стол, потому что у него работают подчиненные» было явно не про него. Поэтому начальник штаба Ставки один выполнял функции, которые в идеале должны были быть распределены между добрым десятком генералов…

Слово Г.И. Шавельскому: «В деле, в работе он все брал на себя, оставляя лишь мелочи своим помощникам. В то время, как сам он поэтому надрывался над работой, его помощники почти бездельничали. Генерал-квартирмейстер был у него не больше, как старший штабной писарь. Может быть, именно вследствие этого Михаил Васильевич был слишком неразборчив в выборе себе помощников: не из-за талантов, он брал того, кто ему подвернулся под руку, или к кому он привык. Такая манера работы и такой способ выбора были безусловными минусами таланта Алексеева, дорого обходившимися прежде всего ему самому». Ю.Н. Данилов подчеркивал, что характеру Алексеева «не чужда была некоторая нетерпимость к чужим мнениям, недоверие к работе своих сотрудников и привычка окружать себя безмолвными помощниками. Наличие этих недостатков сказывалось у генерала Алексеева тем отчетливее, чем расширялась область его деятельности».

Шавельскому и Данилову вторит генерал П.К. Кондзеровский: «Вследствие ли полной непригодности Пустовойтенко или же вследствие свойства своего характера, но ген. Алексеев вел лично всю главную работу Генерал-Квартирмейстерства. Дело это он поставил так, что писал собственноручно все оперативные телеграммы. Мне постоянно приходилось заставать его за тем, что, сняв очки с одного уха и наклонившись совсем близко левым глазом к бумаге, он писал своим мелким, “бисерным”, четким и ровным почерком длиннейшие телеграммы, которые затем приказывал передать Генерал-Квартирмейстеру Я думаю, он потому и держал на должности Генерал-Квартирмейстера генерала Пустовойтенко, что тот не высказывал никакого протеста против такого его обезличения, — всякий другой едва ли согласился бы играть такую жалкую роль». Ю.Н. Данилов отмечал еще один недостаток Алексеева: «Я бы прежде всего отметил у генерала Алексеева недостаточное развитие волевых качеств». А.А. Брусилов: «Его главный недостаток состоял в нерешительности и мягкости характера». В.Е. Борисов: «Главным недостатком Алексеева было отсутствие у него волевого характера и уступчивость в отношениях с лицами высшего командования, в особенности с главнокомандующими армиями фронтов, которые с ним почти не считались, тем более что они непосредственно подчинены были не ему, а самому верховному главнокомандующему». Приказать главкомам фронтов сделать то-то и то-то Алексеев попросту не имел права, поэтому зачастую ограничивался советами и рекомендациями. А уж следовать им или не следовать, каждый главком решал сам. Легко себе представить, какой разнобой царил зачастую в штабах фронтов, получавших одновременно противоречившие друг другу директивы Ставки и приказы собственного главкома. Настаивать же на проведении в жизнь своих идей, «продавливать ситуацию» авторитетом Алексеев не любил и не умел. Более того, будучи по натуре человеком деликатным, он был склонен улаживать даже мелкие конфликты миром. Так, когда его адъютант накричал на какого-то офицера и не согласился принести ему извинения, Алексеев лично извинился перед оскорбленным за выходку адъютанта.

Другим слабым местом Алексеева было его стремление видеть во всех только хорошее, неумение «узнавать» нужных людей и проводить их на высокие должности.