Связи Пустозерска с внутренними русскими центрами старообрядчества и новыми местами его расселения, особенно с казаками Дона, не могли не беспокоить правительство. Обращение Аввакума к царю Феодору в 1676 году, его обширная корреспонденция, бесконечные послания, шедшие из Пустозерска, и его сношения с энергичным игуменом Досифеем, путешествовавшим от Белого моря до Дона, организовавшим старообрядческие общины и неизменно ускользавшим из сетей, поставленных ему правительственными агентами, раздражали и беспокоили гражданские и церковные власти. Немудрено поэтому, что на церковном соборе 1681–1682 годов было решено усилить борьбу с церковным расколом. Одними из первых жертв этой политики явились пустозерцы. Как указывают старообрядческие историки, 1 апреля 1682 года все четыре вождя церковного мятежа, — Аввакум, Феодор, Епифаний и Лазарь — были сожжены по приказу из Москвы.

Несмотря на то что со времени царствования Ивана Грозного южная граница русского государства быстро продвигалась в направлении Черного и Азовского морей, Дикое Поле все еще по-прежнему отделяло пределы Московского царства от казачьих поселений на Дону и Тереке, которые продолжали оставаться прибежищем для недовольных социальным строем и церковными делами беглецов. Проживание в столице и центрах страны было крайне опасно для старообрядцев, которых повсюду искали, арестовывали и судили как церковные, так и гражданские власти. Так, например, по свидетельству иностранцев, в течение нескольких недель перед Пасхой 1685 года в срубах были сожжены не менее 90 последователей древлей веры. Бесконечные степи, перелески и леса Дона, мало заселенные основным казачьим населением и кое-где кочевавшими ногайцами, давали новым эмигрантам идеальный приют.

Вожди этой старообрядческой эмиграции на Дону вскоре сошлись с атаманом С. Лаврентьевым, представителем той партии казаков, которая сопротивлялась все растущему контролю центральной власти, и который неоднократно бывал выборным главой Черкасской станицы. Лаврентьев уже долгие годы поддерживал беглецов с севера, снабжал их оружием для самозащиты и грабежа караванов, шедших из России в Персию или Турцию, за что и получал часть добычи их военных «подвигов». В начале 1686 года старообрядческой партии и приверженцам Лаврентьева удалось достичь на Дону значительных успехов. В это время войсковой атаман Фрол Минаев уехал по делам в Москву, а на его место был избран сам Лаврентьев. Весной следующего 1687 года Лаврентьев провел в настоятели главного донского собора в Черкасской станице старообрядческого священника, а на войсковом сборе в мае того же года казаки постановили признать старую веру официальным, «государственным» исповеданием Дона. В северной части донских поселений, особенно по притоку Дона реке Медведице, где население было чисто старообрядческим, начали собираться вооруженные отряды, готовые защищать свои селения и своих вождей от нападения царских войск. Здесь старообрядческие миссионеры открыто провозглашали: «Мы не боимся ни царей, ни всей вселенной; вся христианская отпала, и в Московском государстве благочестия нет, ни церквей, ни попов».