Возвращение войскового атамана Фрола Минаева положило конец господству старообрядцев в донской столице Черкасске. Москва, узнав о событиях в Черкасске и на Медведице, потребовала ареста и выдачи вождей смуты. Козьма был схвачен в августе 1687 года и выдан в Москву, такая же судьба постигла и черного попа Феодосия. Вскоре был арестован и Лаврентьев. Московское правительство и церковь, казалось, одержали легкую победу на Дону; даже некоторые монастыри были отобраны от казаков и переданы в управление Тамбовского владыки. Но несмотря на эти неудачи, старообрядцы Дона во главе с Досифеем не капитулировали. Начиная с весны 1688 года их вожди и отряды начали концентрироваться по северо-восточному притоку Дона, Медведице, где они были вдалеке от обычных путей царских агентов. Оставив станицы, они построили крепость на одном из островов реки. Часть их там прочно укрепилась, поставила пушки для обороны своих укреплений.

Медведицкая старообрядческая крепость и селения просуществовали более десяти лет и только осенью 1698 года верные Москве казаки осадили ее. Весной 1699 года казаки — сторонники Минаева начали более активные военные операции и 4 апреля взяли крепость приступом, ликвидировав этот упорный казачий очаг старообрядческого сопротивления. Но много старообрядцев-казаков спаслось после разгрома их укреплений на Медведице. Через девять лет после подавления этого первого казачьего старообрядческого движения Кондратий Булавин снова поднял там восстание против «князей, бояр, прибыльщиков и немцев» за то, что они «вводят всех в еллинскую веру и от истинной веры христианской отвратили своими знаменьми и чудесы прелестными». Так в своей борьбе за старые порядки и старую церковную традицию казаки сливали в одно целое религиозные и социальные мотивы.

Бунт Булавина, а через семьдесят лет бунт старообрядца Пугачева были подавлены, но казаки Дона и других областей юго-востока России сохранили свою преданность старой вере, и до XX века значительное количество донских казаков остались верными старому обряду и старым взглядам на церковь.

В те же два последних десятилетия XVII века началось накопление старообрядцев вдоль нижнего течения Волги, от Саратова до Царицына, и дальше до всегда бурной и готовой к бунтам Астрахани. В конце 1670-х и начале 1680-х годов они заселили Барынников и Мечев буераки у Саратова, начали устраивать там свои скиты и даже построили церковь. Эти новые поселения энергичных и твердых старообрядцев, постоянно пополнявшиеся беглецами из центра страны, стали первыми негородскими русскими поселениями края. Дальше на юг и ближе к Царицыну, у Черного Яра, тоже образовались станицы казаков-старообрядцев, которые летом 1693 года в числе 500 бойцов даже напали на крепость Черный Яр.

Несмотря на всю радикальность учения идеологов беспоповщины, эти учители очищения душ огнем гарей имели широкий успех в среде крестьян и посадских людей Севера. После казни пустозерских отцов безнадежность, охватившая противников нового обряда, была так велика, что массы преданных старому обряду простых людей, ожидая с года на год окончания века и второго пришествия, и, видимо, предаваясь отчаянию, находили, что единственный верный способ сохранить от греха и спасти свои души от царства Антихриста лежит в самоочищении в огне гарей. Поэтому именно в 1680-х годах эпидемия самосжигания принимает ужасающий массовый характер. В 1687 году все тот же активный проповедник беспоповства и самосжигания черный дьякон Игнатий захватывает со своими приверженцами Палеостровский монастырь и при появлении правительственных войск 4 марта того же года сжигает две с половиной тысячи добровольных жертв и сам гибнет с ними.