Зная Ивана Шуйского как далекого от дворцовых интриг боевого командира, Иван IV не питал к нему вражды. После венчания на царство в 1547 году он дал воеводе высокое придворное звание дворецкого. В этом качестве он стал являться на приемах послов и различных торжествах. Однако военное поприще по прежнему было для Ивана любимым занятием. Он участвовал во многих походах главным действующим лицом – первым воеводой большого полка. Умер Иван Плетень в 1559 году, не дожив до страшных лет опричнины.

Другой брат, Андрей Честокол, был более склонен к участию в дворцовой борьбе. За эту склонность он угодил в темницу не только при Василии III, но и при Елене Глинской. После ее кончины он вышел на свободу и был послан родичами на ответственную службу – наместником во Псков. В этой должности он проявил такое непомерное корыстолюбие, что вскоре был отозван в Москву.

После кончины Ивана Васильевича Шуйского Андрей Честокол попытался занять его место у трона. Однако он не сумел овладеть положением и попытался "уйти в тень". Но в политической игре XVI столетия обычной платой за поражение была жизнь. В конце 1543 года 13 летний Иван IV, несомненно, подученный своими наставниками из числа врагов Шуйских, приказал схватить князя Андрея и казнить без суда.

Роль палачей Иван IV поручил дворцовым псарям. Тело убитого ими князя Андрея было отвезено в Суздаль и погребено там на родовом кладбище Шуйских.

Следующее поколение Шуйских также состояло преимущественно из мужественных воевод. Одним из них был сын казненного Андрея Шуйского – Иван. Спасаясь от гнева царя и мести ненавидевших его отца бояр, Иван – тогда еще ребенок должен был бежать из Москвы. По семейному преданию Шуйских, сохраненному одним из летописцев, Ивана спасла преданность слуги воспитателя ("дядьки"). Он тайно увез отрока на Белоозеро. Там они оба скрывались, добывая пропитание крестьянским трудом. Впоследствии дядька бросился в ноги царю, когда тот был на богомолье в Троице Сергиевом монастыре, и вымолил прощенье для своего воспитанника.

Не станем разрушать сомнением поэтическую прелесть этой истории. Как бы там ни было, сын опального боярина был взят на царскую службу и занялся привычным для Шуйских воинским ремеслом. Известно, что в 1558 году он был воеводой в полках, стоявших в Дедилове, на Оке. В последующие годы его постоянно можно встретить среди воевод, действовавших на ливонском фронте.

Известный советский историк С. Б. Веселовский отметил парадоксальный факт: несмотря на то, что Шуйские принадлежали к высшей аристократии, что один из них стал самой первой жертвой государевых псарей палачей, они даже в самые мрачные годы опричнины "пользовались исключительной благосклонностью царя". Словно насытившись казнью Андрея Шуйского, Иван IV за все свое кровавое царствование не тронул ни одного представителя этого рода.

В разгар опричнины Иван Шуйский получил чин боярина и продолжал исправлять ответственные военные службы. Смерть нашла отважного Ивана Шуйского – отца будущего "боярского царя" Василия Шуйского – на поле брани, под стенами Ревеля в 1573 году.

Петр Иванович Шуйский, племянник Василия Немого, в молодости также оказался вовлеченным в придворную борьбу. Однако уже с 1539 года он выступает и на воинском поприще. Участник знаменитого похода на Казань, в 1552 году он был поставлен одним из пяти "государевых воевод" в только что построенном Свияжске и пробыл там до 1558 года, когда был отозван и послан на Ливонскую войну. Там он отличился при взятии крепости Вильян (современный город Вильянди в Эстонии). Один из летописцев XVI столетия сообщил об этом деянии Шуйского в таких словах: "Лета 1559 го.