Во время путешествия Эрнст Шефер удачно охотился: в зоологической коллекции экспедиции появились золотой фазан и горал. Но главное – 13 мая 1931 года он стал вторым белым человеком в мире, который смог подстрелить панду. Сохранилась фотография: Шефер запечатлен с пандой на одной руке и мертвой птицей – в другой.

После нескольких месяцев путешествий Эрнст возвратился на родину, где продолжил свое обучение в Гёттингене. Его отчет о поездке, положенный в основу небольшой книги под названием «Горы, Будда и медведи», разошелся по всей Германии, принеся молодому студенту известность.

Тем временем в Берлине к власти пришел Адольф Гитлер. Политические события не обошли стороной и Эрнста Шефера. 1 ноября 1933 года по рекомендации обер-бургомистра Гёттингена он стал кандидатом в члены СС.

В январе 1934 года Шефер получил от Брука Долана приглашение присоединиться к небольшой экспедиции, которая направлялась в Центральную Азию. Много позже Эрнст напишет об этом:

Вторая экспедиция была не итогом тщательного планирования и результатом научных разработок, а следствием выходки сумасбродного американца, у которого было слишком много денег. Он пресытился обычной жизнью и не знал, куда деть свою энергию.

Третьим участником экспедиции должен был стать английский миссионер Дункан, который в совершенстве владел китайским и тибетским языками. Целью почти двухлетнего путешествия должно было стать исследование малоизученной горы Амне-Мачин, которая располагалась на китайско-тибетской границе, а также разведывание истоков реки Янцзы. Однако начавшаяся Японско-китайская война поставила жирный крест на планах: националистическое правительство в Нанкине отказало трем иностранцам во въезде. В итоге исследователям пришлось отказаться от посещения Тибета и попытаться добиться разрешения хотя бы на изучение Янцзы.

Несмотря на то, что между Доланом и Шефером установились дружеские связи, они взяли на себя определенные договорные обязательства. Так, например, Долан должен был первым сообщать в США обо всех открытиях, которые сделает экспедиция. Именно так произошло в случае с неизвестным видом барана, который в декабре 1934 года был обнаружен Эрнстом Шефером. Однако пальма первенства досталась Долану. И лишь по возвращении в Европу Шефер получил возможность доложить о своем открытии в научных кругах. Не исключено, что в СС знали о существовании экспедиционного договора. Ведь только так можно объяснить тот факт, что в шанхайском представительстве немецкой фирмы «AGFA», в котором трудилось немало резидентов немецких спецслужб, были сделаны дубликаты всех снимков, полученных во время экспедиции, и тут же отправлены в Германию.

В городе Джекондо, расположенном в верховьях Янцзы, губернатор, поставленный на пост нанкинским правительством, на несколько недель задержал экспедицию. Из-за этого развалилось все предприятие. Долан направился назад, чтобы получить новые разрешения и доверенности, однако к своему другу так и не вернулся. Отныне брошенный Шефер должен был сам руководить остатками экспедиции. Невзирая на трудности и опасности, он все-таки продолжил путь.

2 ноября 1935 года Эрнст Шефер прибыл в Шанхай с богатым зоологическим, ботаническим и географическим «уловом». Но здесь молодой ученый столкнулся с проблемой, которая предопределила его будущее: Долан, встретив его, потребовал себе все собранные материалы. Шеферу пришлось следовать букве подписанного договора. Он решил, что отправится с Доланом в США, где изучит коллекцию и сможет добиться финансирования новой экспедиции. Однако немецкий консул Герман Крибель, старый боец национал-социалистического движения, участвовавший еще в «пивном путче», убедил молодого ученого, что тот будет полезнее на родине.