В Берлине Эрнст Шефер продолжал работу над диссертацией, давал интервью для газет и писал популярные статьи. Но при этом он все больше оказывался втянутым в водоворот политических событий. Ему, орнитологу по образованию, приходилось осваивать национал-социалистический лексикон. К примеру, во время выступления в ноябре 1936 года в Мюнхене перед местной организацией национал-социалистических студентов он рассматривал высокогорный Тибет с точки зрения арийской мифологии. Газета «Народный наблюдатель» сообщала:

Его голос заполнял огромное помещение. Скоро стало ясно, что перед нами стоит истинный германец, который вещает о далеких землях. О том, как он смог выстоять там, где струсили американцы, в результате чего «случайно» стал руководителем экспедиции. Той самой экспедиции, которая не отступила и достигла своей цели. В конце выступления Шефер отметил, что теперь, когда весь мир ополчился на Германию, очень важно, чтобы немцы высоко несли свое национальное имя. Эта фраза сорвала аплодисменты. Пожалуй, никто из многочисленной публики не ушел недовольным рассказом этого смелого первопроходца немецкого духа.

Примечательно, что на публичные лекции Эрнст Шефер приходил в новенькой форме младшего офицера СС и старался увязывать свои рассказы с актуальными политическими задачами, фактически выступая агитатором нового, национал-социалистического образа жизни.

Шефер много времени уделял подготовке третьей экспедиции. Однако для ее осуществления ему требовались новые связи.

Во время благодарственного визита к Фрицу Штифе, начальнику управления культуры при Министерстве иностранных дел Германии, молодой ученый открыто попросил поддержать запланированную им экспедицию. О том же самом он говорил в Немецком исследовательском обществе, которое располагалось в Городском замке Берлина. Самым сложным моментом в проекте была финансовая поддержка. Предполагалось, что ее должно было предоставить Немецкое исследовательское общество, в том числе через систему ссуд от всевозможных научных структур. Но цель заслуживала подобных затрат: Шефер намеревался изучить Восточный Тибет – область, которая в то время была закрыта для европейцев.

Чтобы ввести свои исследовательские планы в контекст господствующей идеологии, Эрнст Шефер продвигал идею, что в Гималаях могут быть обнаружены остатки первоначальной арийской расы. При этом он опирался на теорию венского этнографа Вильгельма Шмидта-старшего, который пытался доказать, что в Тибете сохранились не только исчезнувшие в других местах виды растений и животных, но и продолжают существовать архаичные общественные формы древних арийских племен.

В течение 1937 года Шефер дважды выступал в Немецком исследовательском обществе с докладами. При этом он обращал внимание присутствовавших на то, что экспедиция будет проводиться по поручению рейхсфюрера СС Генриха Гиммлера. Кроме этого, Генрих Гиммлер, который возлагал на молодого зоолога большие надежды, ввел Шефера в состав своего персонального штаба, где назначил ответственным за хозяйственные вопросы. По этой причине отдел экономической помощи персонального штаба рейхсфюрера СС также помогал Шеферу собирать деньги. Процесс подготовки еще упростился, когда проект Шефера был записан как экспедиция «Аненербе», хотя привязка была формальной и не отражала действительности.

Примечательно, что с самого начала планирования экспедиции ее участники оказались прочно связанными со всевозможными расовыми теориями, столь популярными в Третьем рейхе. Кроме антропологических исследований различных этнических групп, проживающих в Тибете, Гиммлер почти сразу же вменил в обязанность Шеферу провести расовое исследование разбойничьего племени нголок.