В ночь с 11 на 12 ноября 1748 года Лестока внезапно и безжалостно разбудили и препроводили в Петропавловскую крепость. Специальная комиссия, членами которой стали генерал Апраксин и граф Шувалов, а председателем Бестужев, обвинила врача в том, что он продался Швеции и Пруссии, что он ведет тайную переписку с скомпрометировавшей себя принцессой Иоганной Ангальт-Цербстской, матерью великой княгини Екатерины Алексеевны, что вступил в заговор против императрицы всея Руси. Лестока подвергли пыткам, после чего – не слушая заверений в невиновности и клятв – выслали в Углич. Имущество лейб-медика было конфисковано, он лишился всего. И тут Елизавета внезапно смягчилась. Императрица согласилась сначала на то, чтобы жена осужденного жила с ним в тюремной камере, потом – чтобы она отправилась вслед за мужем в изгнание. Быть может, государыня сжалилась над тем, кого должна была покарать согласно царской прерогативе, а может быть, просто сохранила теплое воспоминание о верном слуге, всегда спешившем услужить ей, вот и смягчила наказание.

Лесток предложил неизвестному 50 рублей, если он откровенно скажет, кто он такой и кто его посылает шпионить. Неизвестный упорствовал и уверял, что ни от кого не получал поручения шпионить. Лесток приказал позвать из своего караула унтер-офицера и гренадера и хотел заставить батогами неизвестного открыть – кто он такой. Тогда неизвестный объявил, что он – человек какого-то гвардейского офицера, который поручил ему наблюдать за каждым шагом Лестока и Шапюзо. Лесток тотчас поехал во дворец, упал к ногам императрицы, уверял в своей всегдашней верности и преданности и просил удовлетворения за оскорбление. Елизавета выслушала его ласково, просила потерпеть и обещала расследовать дело. Успокоенный Лесток отправился от государыни в дом того же прусского купца, где оставил других собеседников, и пробыл там до полуночи. Между тем Елизавета дала приказание арестовать и отвезти в крепость Шапюзо и четырех служителей Лестока, о которых предполагалось, что они могут сообщить сведения о поведении Лестока. Императрица говорила своим приближенным, будто считает преступным уже то, что эти господа взяли на себя роль судей над чужим человеком, и если они совершенно невинны, то нечего им страшиться шпионства над собой. 22 декабря Лесток попытался еще раз явиться к государыне, но его не допустили, а 24 декабря, в 11 часов утра, генерал Апраксин с солдатами явился в дом Лестока и объявил ему арест в его доме, причем запретили ему «употребление ножей и всякого острого орудия». Жена Лестока была в церкви и в тот день причащалась: по возвращении домой и она получила приказание оставаться в своем доме под арестом. В этот самый день при дворе устраивалась помолвка фрейлины Салтыковой; государыня была отменно весела, а сам Лесток был назначен в числе шаферов невесты, но, разумеется, теперь не явился. Наконец, 26 декабря императрица оставила столицу и перебралась в Царское Село, а Лесток, того же дня вечером, вместе с женою был отвезен в крепость. Александр Шувалов, заменивший недавно умершего Ушакова в начальстве тайною канцелярией, вел допрос над Лестоком и его соучастниками.

Не будучи доброй, Елизавета Петровна была чувствительной, иногда даже – сентиментальной. Ей трудно давались жалость и снисходительность, но она охотно лила слезы над участью жертв эпидемии в отдаленных краях или бедными солдатиками, которые рискуют жизнью на границах ее империи. Поскольку большею частью императрица показывалась на людях приветливой и улыбающейся, подданные, забыв о пытках, грабежах, казнях, которые свершались в ее царствование, называли ее между собой «Милостивая». Даже придворные дамы и фрейлины, которых она часто награждала пощечинами или бранила так, что гренадер бы покраснел, услышав эти слова, – даже они бывали растроганы, когда после несправедливого наказания она принималась просить прощения: «Виновата, матушка!» Но самой нежной и самой внимательной она была к своему морганатическому супругу – Алексею Разумовскому.