При достижении поставленной цели «орденские братья», как и все тогдашние «крестители», не слишком-то стеснялись в выборе средств. Покоренные пруссы были поставлены перед выбором: «Крещение или смерть» (нем.: Taufe oder Tod). В конце концов они «покорились вере и братьям», по выражению орденского хрониста. После покорения пруссов начался процесс их постепенной германизации, сопровождавшийся колонизацией прусских земель переселенцами из Германии. Базой для нее являлась «Кульмская грамота» (нем.: Kulmer Handfeste) 1233 г., гарантировавшая будущим переселенцам — как крестьянам, так и горожанам — в прусские владения Тевтонского ордена широкие права и заманчивые привилегии. Свои завоевания в Пруссии орден Девы Марии закреплял и защищал, возводя все новые замки (бурги), которые первоначально представляли собой деревянно-земляные укрепления, а впоследствии (в особенности после восстания пруссов 1260–1273 гг.) строились из кирпича или из камня. Крупнейшими из этих замков были Торн (1231), Мариенвердер (1233), Эльбинг (1237), Христбург (1247), Мемель (1252), Кёнигсберг (1252) и Мариенбург-на-Ногате (строительство которого началось в 1274 г.).

Прусские простолюдины, добывавшие себе хлеб насущный в качестве сельскохозяйственных рабочих и арендовавшие небольшие участки земли у «витингов», именовались «гертнерами». Представители этой категории прусских подданных Тевтонского ордена в случае войны сопровождали своих помещиков-«витингов» в качестве пеших воинов, вооруженных достаточно просто (обычно — боевым топором и ножом) и имевших из защитного вооружения в лучшем случае щит и шлем (железный колпак).

Многие прусские военные вожди, отчаявшись в победе над «марианами», но не желавшие им покориться, бежали со своими дружинами в соседнюю Литву или в Новгород, где даже возник целый «Прусский конец (квартал)».

К 1253 г. восстание пруссов было подавлено «марианами» и пришедшими им на помощь крестоносцами. Не располагая осадной техникой, повстанцы оказались не в состоянии овладеть орденскими замками и вытеснить «тевтонов» из Пруссии, лишив их опорных баз.

В 1254 г. в Пруссию прибыло многочисленное крестоносное ополчение под командованием богемского короля Оттокара II Пшемысла, маркграфа Оттона Бранденбургского и графа Рудольфа фон Габсбурга (которому, по велению судьбы, было суждено впоследствии разгромить и убить Оттокара в борьбе за престол Священной Римской империи).

Крестоносцы замирили прусские племена севернее реки Прегеля (Преголи) и заложили на высоком холме («горе») близ реки крепость Кёнигсберг, назвав ее «Королевской горой» в честь чешского короля Оттокара.

К 1283 г. все уцелевшие к тому времени прусские вожди-«куни(н)гасы» присягнули на верность Тевтонскому ордену Святой Девы Марии. Этот год считается годом окончательного замирения Пруссии. Первоначально «тевтоны» оставляли простым пруссам их свободу, а знатным — их привилегии (если пруссы принимали крещение). У отказавшихся креститься конфисковали имущество, а самих изгоняли. Во время и после восстаний пруссы были поставлены вне закона. Многих из них убивали, а тех, кто остался в живых, обращали в рабов — «дреллов» (нем.: Drellen) или расселяли по другим землям. Кроме того, орден Приснодевы Марии постоянно мобилизовал прусских мужчин в свое войско во время походов.