Так назрел конфликт, связанный с наследованием. Иван Молодой в течение тринадцати лет был соправителем своего отца. У него были хорошие деловые отношения с Боярской думой. Сейчас, после его кончины, бояре были озабочены тем, что перевес может взять сын «грекини» (которая так и не научилась говорить по-русски). Сам Иван III больше сблизился с Василием, чем с внуком Дмитрием. Но он должен был поступать в соответствии с установившейся традицией и брачным соглашением. А это означало, что наследником должен был быть его внук Дмитрий, а не сын от «грекини» Василий. Думцы организовали коронацию Дмитрия втайне от Софьи. Дмитрию в то время было пятнадцать лет. Однако, как это обычно бывает, один доброхот-дьяк сообщил об этом Софье и Василию. Они посчитали, что условия для заговора созрели. К заговору постарались привлечь как можно больше членов великокняжеского двора. Это были в основном дети бояр. Они принимали присягу на верность Василию. Их «тайно к целованию приведеша». Заговорщики советовали Василию собрать войско (Василию было девятнадцать лет) и захватить Белоозеро и Вологду. Там (в Белоозере) находилась великокняжеская казна, которую туда Иван III ранее отправил вместе с Софьей, опасаясь нашествия татар. Однако заговорщиков оказалось мало, поскольку никто из думцев-бояр к ним не присоединился. Конечно, заговор был пресечен на корню. Вдохновители Василия боярские дети Еропкин и Поярко были четвертованы. Казнили князя И. Палецкого-Стародубского, В. Гусева и дьяка Стромилова. Были утоплены в Москве-реке и колдуны и ворожеи, которые приносили зелье Софье. Что же касается самой Софьи, которая убила сына Ивана III и замахнулась на его власть, то Иван III ее не наказал. Княжича Василия также не наказали, хотя и подержали некоторое время под арестом.

Внука Ивана III Дмитрия короновали 14 февраля 1498 года в Успенском соборе Кремля. Показательно, что коронация Дмитрия была проведена в строгом соответствии с обрядом коронации византийских императоров. Это значит, что идея «Москва – новый Рим» укоренилась. Эту идею активно развивали книжники и духовные лица из окружения Елены Волошанки. Письменно эту идею зафиксировал пастырь Зосима, который был единомышленником Елены. Он составил «Изложение пасхалии», которое он представил московскому собору в 1492 году. Пастырь величает Ивана III «самодержцем». Подчеркивается верность Руси православию, Москва превращалась в Царьград, новый Царьград. В похвальном слове сказано, что Ивана III сам Бог поставил «нового царя Константина новому граду Константину-Москве и всея Русской земли и иным многим землям государя».

Новая идеология нашла отражение и в других сочинениях того времени. В связи с коронацией Дмитрия появилось «Сказание о князьях Владимирских». Сказание было включено в ранний Чудовский сборник, а также в другие сборники. Во всех этих сборниках следом за Сказанием следует сочинение, которое называлось «Чин венчания Дмитрия-внука». Проблема самодержавия в Сказаниях трактовалась следующим образом. Прежде всего, владимирские князья давно породнились с императорским византийским домом. Значит они могут считать себя наследниками византийских императоров. Из этого следовало, что причастность Василия ко двору византийских императоров не играет ни какой роли, она не дает ему никаких преимуществ. Наоборот, он с этой причастностью безнадежно опоздал.