Тем временем новгородский князь В. Гребенка-Шуйский перешел на службу к Ивану III. Так новгородцы лишились военного предводителя. После этого последовала полная и безоговорочная капитуляция новгородцев. 15 января 1478 года жители Новгорода были приведены к присяге. Вече перестало функционировать. Вечевой колокол увезли в Москву. Увезли также и наиболее важные документы из архива Новгорода. С упразднением вече были отменены и все вечевые порядки, в том числе и древний суд и выборные должности. Новгородская республика прекратила свое существование. Общественный строй, который существовал несколько веков, был разрушен. В Московском своде 1497 года было записано: «А как и стал Новгород – Русская земля, – таково позволенье на них не бывало ни от которого великого князя, да ни от иного ни от кого».

Иван III действовал до конца. В феврале 1478 года были арестованы вдова Марфа Борецкая и её внук Василий. Кроме того, были арестованы и некоторые другие лидеры пролитовской партии. Архиепископский наместник также был взят под стражу. Арестованные были отправлены в Москву, а их земли и всё имущество перешли в государственную казну. Но это было только начало. В 1480 году был арестован архиепископ Феофил. Посадник Василий Александрович Казимир, брат его Яков Александрович Короб, Михаил Берденев и Лука Федоров присягнули на верность Ивану III. Они были приняты на московскую службу. Однако через год его арестовали, а земли конфисковали. В последующие 1483 – 1484 годы репрессии новгородской знати продолжились. Из Новгорода поступили сведения, что новгородская знать снова вступила в сношения с Литвой. Иван III отправил в Новгород «заставу ратную». Воинские отряды стояли в Новгороде четыре месяца. Лидером заговора был Иван Кузьмич Савелков. Актив составляли тридцать других бояр. Все они были крупнейшими землевладельцами.

Окончательный разгром вольного города был произведен в конце 1480 годов. Наместником Новгорода был назначен боярин Яков Захарьин-Кошкин. Он организовал грандиозный процесс, в который были вовлечены практически все представители знати, которые еще остались. В результате практически всё древнее новгородское боярство было искоренено. Часть из них наместник «пересече и перевешал», остальные были отправлены в Москву. Все владения новгородских землевладельцев были экспроприированы. Летописи сообщают, что Иван III из Новгорода свел «тысячу голов» бояр и гостей. Новгородские писцовые книги это подтверждают. В 1488 – 1489 годах лишились своих вотчин более тысячи старых новгородских землевладельцев. Иван III не пощадил и тех новгородцев, которые составляли промосковскую партию. Они были отправлены в ссылку вместе со своими оппонентами, настроенными пролитовски. Репрессированных было «более седми тысяч житьих людей». Репрессиям подвергли не только бояр, житьих людей и купцов (являвшихся землевладельцами), но и богатых и зажиточных горожан и ремесленников. Только единицы из сосланных новгородцев стали московскими служилыми людьми и получили землю в Московии.

Историки считают, что присоединение Новгорода к Московскому княжеству явилось поворотным пунктом на пути создания Российской империи.

Отношения с монголо-татарами развивались следующим образом. Русь шаг за шагом преодолевала свою раздробленность и становилась сильнее. Орда находилась в стадии развала. Она распадалась на Ногайскую, Крымскую, Казанскую, Астраханскую и Сибирскую орды. Владения Большой орды простирались от Волги до Днепра. На троне находился Ахмат-хан. В борьбе с другими претендентами он успешно укрепил свою власть, сумев подчинить себе и Крымское ханство. Ахмет-хан принимал все меры для того, чтобы заставить Русь снова платить дань. В 1480 году он стал готовить наступление на Москву. На Русь жали со всех сторон. С запада угрожал король Казимир. На Псков напали войска Ливонского ордена.