Иван III пошел походом на Новгород, мотивируя это тем, что Новгород из старины был «отчиной» владимирских князей. Вече высказалось за то, чтобы попросить помощи у польского короля Казимира. Но архиепископ и сторонники Москвы этому помешали.

Князь Михаил покинул Новгород, хорошо пограбив на обратном пути Старую Руссу. Партия Борецких установила контакт с Литвой. Был составлен договор, по которому новгородцы признавали власть короля и готовы были принять его наместника. Казимир пытался спровоцировать набег Орды на Русь. Но все эти планы расстроили быстрые действия московских отрядов. Они двигались к Новгороду разными путями. Десятитысячное войско под водительством воеводы князя Холмского отправилось вдоль Ловати к Руссе. Там близко была литовская граница. Иван III с двором и тверскими отрядами двигался следом, но на большом удалении. Воинство разоряло землю, брало пленных, резало им носы, уши и губы, нагоняя на всех ужас.

Защищало Новгород ополчение горожан, мало сведущих в военном деле. Новгородская рать старалась не допустить соединения московских войск с псковскими. Они ждали помощи из Литвы. Новгородские ратники встретились с московским войском на реке Шелонь. Новгородцы были жестоко разгромлены. Из них погибло двенадцать тысяч, а две тысячи попали в плен. Посадник Дмитрий Борецкий и другие бояре были обезглавлены. Остальных пленных посадников «Василья Казимера и его товарищов 50 лутчих отобрав повела (Иван III) вести к Москве и от толе к Коломне и в тюрьму всадити».

С Новгородом был заключен договор, по которому он признавал власть Ивана III. Новгородцев привели к присяге на верность Ивану III. Вечевой строй Новгорода сохранился. Через некоторое время бояре Неревского конца города, которые были настроены пролитовски, использовали настроение населения, чтобы расправиться с жителями Славенского конца города. Они устроили грабеж. Иван III с внушительной военной силой прибыл в Новгород. Пришлось упразднить особый новгородский суд. Он был заменен великокняжеским.

В Новгороде продолжало действовать вече. Многие требования Москвы бойкотировались. 9 сентября 1477 года Иван III выступил с войском на Новгород. Тверские отряды присоединились в пути. Псков помогал москвичам продовольствием. Новгород был окружен со всех сторон.

Те, кто остался защищать город, не сумели организовать его эффективную оборону. Псковский летописец об этом писал так: «Людям, мятущимся в осаде в городе, иные хотящи битися с великим князем, а иные за великого князя хотяще задати, а тех болши, котори задатися хотят за князя великого».

Архиепископ Новгорода Феофил был сторонником переговоров с Иваном III. Он возглавил новгородских парламентариев, которые явились к Ивану III на берегу Ильмень-озера. Новгородцы надеялись заключить мир с великим московским князем на прежних условиях. Иван III принял послов с почетом, даже дал пир в их честь. Но он отклонил все их условия мира. Свою программу Иван III сформулировал так: «Мы, великий князь, хотим государства своего, как ест мы на Москве, так хотим быть на отчине своей Великом Новгороде». Это означало следующие перемены: «Вечю колоколу в отчине нашей в Новгороде не быти, посаднику не быти, а государство нам свое держати». Новгородцы такого не ожидали. В городе возникли «многие брони», «всташе чернь на бояр и бояри на чернь». Простой народ отказался повиноваться боярам. В летописи сказано, что «мнози бо вельможи и бояре перевет имеаху князю великому».

Новгородские посадники вступили в контакт с московскими боярами. Те их успокоили, что Иван III не будет конфисковывать их земли, а самих посадских не будет высылать из Новгорода. Но посадские требовали гарантий. Они желали, чтобы Иван III принес клятву на кресте, что все будет именно так. Но Ивана III это оскорбило, и он отказал в их просьбе.