Едва художник покинул границы Рима, спеша скрыться в ночной темноте, покровительство кардиналов и знатных особ закончилось для него навсегда. Он и сам чувствовал, что звезда его закатилась, и что судьба ведет его в самый мрачный период его жизни, который закончится смертью.

В Риме он был заочно приговорен к смертной казни. Но его друзья, в первую очередь маркиз Джустиниано и Асдрубале Маттеи, пытаясь его спасти, распустили слухи о том, что Караваджо умер. По одним слухам, его убили родственники убитого им человека, стремясь отомстить за смерть. По другим — он умер от болотной лихорадки. Его подобрали странствующие монахи в лесу в полумертвом состоянии и похоронили в одном из захолустных монастырей.

Оба эти слуха звучали так убедительно, что в них поверили все, даже власти. Именно этим объясняется тот факт, что не было попыток искать беглого художника в других городах. «Смерть» Караваджо являлась лучшим выходом для всех, и в первую очередь для властей. Ведь очень неприятно казнить такого знаменитого художника, каким был Караваджо.

В Неаполе художник получил много крупных заказов: слава его дошла и до этого города. А в подробности римского скандала местные власти предпочитали не вникать. Караваджо много работал, его искусство оказало значительное, решающее влияние на развитие неаполитанской школы живописи. С 1606 по 1608 год Караваджо работал в Неаполе, но он не чувствовал себя в безопасности. Он постоянно опасался ареста. Поэтому он решил последовать второму совету Асдрубале Маттеи, посчитав его самым лучшим выходом из всех.

В 1608 году Караваджо покинул Неаполь и перебрался на Мальту. У него при себе было рекомендательное письмо к Великому магистру мальтийского рыцарского ордена — ордена госпитальеров. Он поступил на работу в орден, написал портрет Великого магистра и даже сам вступил в орден. И вот тут заканчивается открытая, официальная часть биографии Караваджо, и начинается тайна. Мистическая загадка такой значительности, что покров тайны с нее не поднят и до сегодняшнего дня.

Как бы ни звучали официальные версии биографии Караваджо, все сходятся в одном: Мальта и была той самой точкой его биографии, которая и привела в результате к весьма странной гибели в достаточно раннем возрасте. Караваджо умер в 37 лет. Для мужчины это самый расцвет сил и таланта. В таком возрасте можно умереть только от трех причин: от хронической затяжной болезни (что полностью исключалось в случае с Караваджо — иначе он не смог бы работать так много, создать такое множество произведений), от катастрофы любого рода (в современности это может быть любая транспортная авария, ДТП, в годы Караваджо — землетрясение, пожар, затонувший корабль, разбившаяся карета, война, то есть все то, чего не было в жизни художника) либо от «пистолетного выстрела в суп», как говорили в полиции времен французского короля Людовика XIV, говоря о насильственной смерти, умышленном убийстве: ведь правление Людовика XIV осталось в истории как период самого большого количества отравлений. И эта третья причина часто оказывается самой вероятной в случае гибели человека в таком молодом возрасте — даже если нет никаких внешних признаков в виде кровавых ран.

Теперь рассмотрим официальные версии гибели Караваджо, которые чаще других приводятся в исторической литературе.

Итак, версия номер один, источник — итальянские историки: на Мальте Караваджо вступил в конфликт с Великим магистром ордена госпитальеров и ему пришлось бежать на Сицилию из-за своего вспыльчивого характера. Но и здесь трудный характер Караваджо довел его до беды: он оскорбил старшего по званию, был заключен в тюрьму, но бежал. В 1609 году возвратился в Неаполь, где подвергся нападению в таверне и был изуродован. В это же время заболел малярией.